应用 Dcm2niigui转换DTI数据用于3DSlicer方法


一共有828个Dicom文件,到底哪个才是DTI文件?

GIF

先用3DSlicer的DWIConvert转换模块试一试。

转换出错,错误提示如下:

 Diffusion-weighted DICOM Import (DWIConvert) standard error:
 E: no pixel data found in DICOM dataset
 E: no pixel data found in DICOM dataset
 Exception thrown while reading DICOM volume
 itk::ExceptionObject (000000B03E7CAF60)
 Location: "unknown" 
 File: d:\d\p\slicer-0-build\itk\modules\io\imagebase\include\itkImageSeriesReader.hxx
 Line: 370
 Description: itk::ERROR: ImageSeriesReader(00000260BD160390): Size mismatch! The size of  D:/3DSlicer Data/DTI/.../DICOM/IM_0047 is [320, 320, 1] and does not match the required size [128, 128, 1] from file D:/3DSlicer Data/DTI/.../DICOM/IM_0001
 Exception creating converter 
 itk::ExceptionObject (000000B03E7CAF60)
 Location: "unknown" 
 File: d:\d\p\slicer-0-build\itk\modules\io\imagebase\include\itkImageSeriesReader.hxx
 Line: 370
 Description: itk::ERROR: ImageSeriesReader(00000260BD160390): Size mismatch! The size of  D:/3DSlicer Data/DTI/.../DICOM/IM_0047 is [320, 320, 1] and does not match the required size [128, 128, 1] from file D:/3DSlicer Data/DTI/.../DICOM/IM_0001
 Diffusion-weighted DICOM Import (DWIConvert) standard output:
 ======= DWI Convert Tool Program=========

根据提示要找到 [128, 128, 1] 的数据,茫茫数据中如何快速找到需要的数据,现在Mango闪亮登场。

导入数据文件夹后,Mango软件自动将序列进行分类,根据提示找到首先符合128×128的序列,而且数量较多的序列,只有DTI_medium_iso符合条件。

点击Open选项,查看打开的序列为DWI,点击File文件的Show File,定位的文件均为41k,总共有510个文件,正好相符,选择后复制到单独的文件夹中。

再用3DSlicer的DWIConvert转换模块试一试居然成功导入了。

再看看能不能转换DTI

没错,成功了,不过太繁琐了,有没有更简单的方法?


首先下载一个转换软件Dcm2niigui,转换速度比Mango转换还要快,而且免费。

软件下载链接:dcm2niigui.exe (709 KB)

软件界面如下,Output Format(输出格式)选项选中FSL[4D NifTi nii]或者Compressed FSL[4D NifTi nii]均可,区别就是后者为压缩格式,转换后文件更小。

使用方法简单,只需要将数据文件夹拖入到软件界面即可瞬间完成转换,转换后文件自动存储在拖入的文件夹中。

找到bvec、bval结尾的两个文件和相同名称的另外一个nii.gz文件。

x20171202_092032DTImediumisoSENSEs401a1000.nii.gz文件就是我们要找的DTI文件,其中有“DTImediumiso”序列名称,而且与另外二个文件的名称相同,只是文件类型不同。

x20171202_092032DTImediumisoSENSEs401a1000.bvec文件可以用记事本或写字板打开,是梯度信息文件。

x20171202_092032DTImediumisoSENSEs401a1000.bval文件是b值参数文件。

找齐三个文件之后,在3DSlicer中进行导入,界面如下:

又出错了,错误提示如下:

 Diffusion-weighted DICOM Import (DWIConvert) standard error:
 Error: ReadVolume: Unsupported source pixel type.
 Input volume:  float
 Output volume: short
 The only supported output type is . You may consider using allowLossyConversion option.
 However, use this option with caution! Conversion from images of a different type may cause data loss due to rounding or truncation.

提示输入数据与输出数据类型不符,让我们使用Allow Lossy image conversion 选项,勾选试试,果然成功导入了。


本论坛3DSlicer中国社区网站和slicercn公众号文章均有相关教程。

DTI教程02-数据转换初阶DTI教程03-数据转换中阶DTI教程04-数据转换高阶

非常有用,可以方便找DTI数据了,谢谢

不知道为什么用了曹老师您的方法后成功导入,在volume中还有DWI component也能使用,但就是这图片怎么这样啊,是数据的原因吗?老师

不是数据的原因,是转换软件的原因,可以从新下载此网站的dcm2niiGUI软件试试。