3DSlicer在我国的发展情况

首先,感谢3DSlicer开发者们为大家带来功能强大的免费开源软件。其次,感谢陈晓雷教授在国内开办3DSlicer培训班,让我们认识Slicer。因为Slicer是基于模块化的英文软件,没有固定的操作流程,所以想要掌握有一定难度。陈晓雷教授早期在国内进行教学普及工作,主要以面授为主。

我最初接触3DSlicer是在2016年末内镜培训班上得知有3DSlicer这个软件,从此对其研究和学习达到痴迷的程度,但苦于没有学习资料,借助官网的英文提示一点一点琢磨,每每要研究到深夜。后来组建一个微信群召集了一批3DSlicer爱好者,大家一起学习的情形历历在目,每攻克一个难题、弄懂一个模块的应用,喜悦心情都无以言表。期间结识了 束旭俊、霍贵通、谢国强、霍显浩、李珍珠、王奎重、彭逸龙、蓝欢、赵端允、朱明启、江永、石海平、张广柱、朱敏伟、罗帷 等几位Slicer爱好者。只会一些简单的基础操作,尚不会颅骨剥离、DTI数据转化和影像匹配…….当时每晚大家一起研究交流至深夜,一点点解决疑惑,一步步摸索方法,每当我们攻克难关,得出结果,都会欣喜良久,当时的情景至今仍历历在目,Slicer对于我们就如画家手中的画笔,而那些精美的图像就像的我们作品,凝聚着不断的尝试,百看不厌,而在这个过程中我们领悟到了Slicer的临床价值,也让我们结下了一段情谊。

独乐乐不如众乐乐,分享是一种美德,它能给予人快乐,也能促进自我提高。正因于此,曹主任提倡做一些力所能力及的推广工作,因为Slicer在国内可供大家参考的教程和相关资料很少。我们开始做一些软件使用教程和临床应用发布于微信公众号 3DSlicer中国社区 (SlicerCN),短短半年时间,就有近1000人加入微信群在一起交流、学习和提高。其中神经外科医生最多,近半数以上为硕士、博士毕业,还有影像科、放疗科、超声科、病理科、功能科、骨外科、普外科、心内科、呼吸科医生及工程技术人员、生物医学工程、计算机应用等高校学生,人员涵盖港台及内地所有省份。

截至目前公众号共发布文章150余篇 【早期文章发布在微信公众号 鹤岗神经外科 (HGsjwk)上,现已更改为 脑卒中与神经重症 (ncz120)】,20多名作者分享经验心得,发布的文章阅读量最多的达到4400多人。公众号文章的编辑及维护等工作主要由 曹玉福束旭俊 医生共同完成。文章的校对和润色主要由 曹玉福、束旭俊、谢国强、霍贵通、霍显浩 共同完成。在公众号发布文章的人员有: 曹玉福、束旭俊、霍贵通、王奎重、谢国强、霍显浩、李珍珠、 程世奇、杨立志、徐敬斌、袁饶饶、彭逸龙、赵端允、江永、罗帷、朱明启、石海平、张广柱、姜亦坤、李升、于德君、 吕然博 孙宗汉、吴阳、 周翔、布鑫、罗俊杰 等人。其中高产作者有 曹玉福、束旭俊、霍贵通、王奎重、谢国强、霍显浩、杜昌旺 等人。在此感谢你们对社区的大力支持,你们将Slicer应用于临床并积极分享心得体会,送人玫瑰手有余香。感谢 王兵、贾万兵、 姜时泽、 龚瑾、 林靖、 张华平、 蓝欢、赵鹏、王刘帅、龚瑾、周杰 等分享你们宝贵的影像资料,为新学习来的同志提供了方便。

正是由于大家的积极参与和支持,才能使得“ Slicer中国社区 ”公众号成为国内最大的Slicer爱好者聚集地,为志趣相投的同志提供一个交流学习的平台。大家的努力的结果得到了3DSlicer首席架构师Steve的认可和赞扬,我们的部分教程被附于官网之上展示给国际Slicer用户。附官网教程地址:https://www.slicer.org/wiki/Documentation/4.8/Training

于2018年春节期间开办了网站和论坛,在没有一位专业IT人士参与的情况下,从购买服务器到网站建成,仅用了7天时间,而且是wordpress和discourse构建在一台服务器上,估计也创造了一个医生建网站的记录。当初没有太多的参考资料,完全由神经外科医师攻克难题。起初由 杨晓凯 初建网络架构,应用docker容器安装wordpress和discourse程序于一台服务器上,后来因docker的使用维护问题放弃wordpress的docker方式安装,由 栗志弘 重新构建了网站的源代码,至今使用的网站就是。在此过程中需要感谢 杨晓凯、栗志弘、孙宗汉 付出的努力使得网站得以建成,同时也感谢 赵明媚、杨旋、束旭俊、霍贵通 对建站献言献策,提出了很多有用的建议。

于2018年4月份,由浙江新安神外医生 熊金丹 攻克了3DSlicer软件汉化的技术相关问题,并牵头组建了汉化小组,一共20人负责软件的汉化工作,同样一周之内软件的汉化样本进入内测。参与汉化人员有 熊金丹、曹玉福、束旭俊、霍贵通、王奎重、李珍珠、杨立志、李大鹏、张锐、步啸、裴东领、高潮、张威、贾万兵、普安格、杨凯、朱贵东、周军、马春晓、李闯。

让我们不忘初衷,一起携手共进!

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3DSlicer简介

3D Slicer(以下简称Slicer) 是一款开源、免费和可扩展的医学图像处理和可视化的医学图像处理和分析应用平台,起源于1998年波士顿布里格姆妇女医院手术计划实验室和麻省理工学院的人工智能实验室联合发起的一个硕士论文项目,其目的在于开发一个易于使用的分析和可视化的软件。

David Gering依据早期的研究小组在麻省理工学院和波士顿布里格姆妇女医院手术计划实验室的经验,于1999年在他的硕士毕业论文中首先提出Slicer的原型。

随后,Steve Pieper担当Slicer的首席架构师,使Slicer的开发工作商业化以达到工业级别的安装包的要求。

从1999年以来Slicer的开发一直受到Ron Kikinis领导的手术计划实验室的关注。如今Slicer的开发工作大部分都是由专业的工程师、算法开发人员和应用领域的科学家一起合作完成的,其间又有Isomics公司、Kitware公司和GE全球研究院等公司加入Slicer的开发中来,同时不断壮大的Slicer社区也对其发展也产生了巨大贡献。

开发Slicer的最初设想是用于神经外科手术引导治疗、可视化和分析的系统,但是经过十几年的发展,Slicer已经成为一种不仅能够应用于各种临床和临床前的研究应用,还能够用于非医疗图像分析的综合平台。

Slicer的开发和维护主要受到美国国家卫生研究院的资助,与此同时,Slicer也受益于其庞大的开发者社区,社区中的各种团队和个人使用者通过报告使用Slicer时遇到的软件问题、提出问题解决方案和开发新工具等来不断完善和拓展Slicer的功能。

Slicer的主要特征有广泛的功能、扩展性好、平台独立和无限制的软件许可等,这些特征正是其他同Slicer功能相似的商业和开源软件工具或工作站无法比拟的。

由于商用影响工作站和图像分析工具通常不能被终端用户扩展其功能,开发模型也不是以接受新工具为导向的,可能还需要专门的硬件设备,使得他们在需要开发新的图像分析方法的工程中的应用受到很大限制。同时现有的很多商用影像工作站和图像分析工具的价格通常非常昂贵,不是所有的学术研究者都能买得起这些系统。和这些商用工作站相比, Slicer为学术研究者们提供免费的研究平台并且不需要专门的硬件设备,此外Slicer还支持多操作系统,如Windows,Mac OS X和Linux。