DTI教程03-大脑掩膜及基准体数据输出


一、模块描述:

从弥散加权图像数据创建一个大脑掩膜,掩模可用于计算弥散张量或用于纤维束成像的种子。通过平均基准图像(非弥散加权)进行计算,应用Otsu阈值算法来分割组织体素,然后去除小的未连接区域。


二、模块参数说明:

  • Input DWI Volume(输入DWI数据):选择“DWI”即可。

  • Output Baseline Volume(输出基准体数据):选择"Create new Volume as…",此处命名为“Baseline”。

  • Output Diffusion Brain Mask(输出大脑掩膜):选择“Create new LabelMapVolume as…”,此处命名为“Brain Mask”。


三、模块用法:


四、数据保存:


教程链接:

1、DTI教程01-数据转换

2、DTI教程02-DWI数据加载

3、DTI教程03-大脑掩膜及基准体数据输出

4、DTI教程04-计算弥散张量

5、DTI教程05-弥散张量的标量测量

6、DTI教程06-弥散张量的可视化

7、DTI教程07-大脑纤维束成像

8、DTI教程08-纤维束成像(胼胝体)

9、DTI教程09-纤维束成像(胼胝体)的参数调节

其他链接:

1、教程素材 Dti_tutorial_data(DTI)

2、DTI美图

3、3DSlicer导入DTI数据出现问题求大神指教

4、DTI数据导入问题请教

求助大神,进行brain mask apply之后,小脑部分没有变蓝色,什么情况?

软件在剥离头皮颅骨软组织过程中出现的“误差”,与数据本身有关,可以在Editor模块中进行手工绘画。

您好,这个数据是练习的那个数据? 还是自己扫描拷贝过来的?我这边有个问题西门子的3.0磁共振做的dwi序列无法实现重建,扫描的方法是什么?练习的数据可以实现重建。用文本看没有梯度参数,您这个扫描方法是什么?

看公众号slicercn文章吧,更详细的讲述了数据转换的方法。如果你还没有解决问题,可以发送所有原始数据给我:444703546@qq.com

Diffusion Brain Mask模块,我都没有找到。在4.8.1版本没有么?还有4.9的我下载不下来,有什么办法?

4.8.1版本和4.9版本都有,模块下载出现困难的情况下,可以参考下面的帖子:

关于扩展模块(插件)问题汇总

请问:显示没有b0图像怎么办?

发我邮箱试试吧:444703546@qq.com

导入数据后使用Brain Mask,input DWI volume选项里面没有我的这数据啊,怎么回事啊,老师。

首先你需要确认是否正确进行了数据的转换

a7507431481dc5b328af1a97c5621ed
为啥标记的是全部图像

mask步骤出错了吧

严格按照教程步骤的,看了好几遍了,不知道为啥