DTI教程07-大脑纤维束成像

[Caoyufu (曹玉福)]

一、模块描述：Tractography Measurements

• 利用模块对大脑纤维束进行成像。

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二、参数设置：

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Parmeters Node：参数节点

• Parameters（参数）：选择模块的现有设置或创建一个新的设置。
• Presets（预设）：为模块选择Slicer4或Slicer3参数设置，目前版本共有3个选项。
  • Slicer4 Interactive Seeding Defaults：默认Slicer4交互种子。
  • Slicer3 Labelmap Seeding Defaults：默认Slicer3标签映射种子。
  • Slicer3 Fiducial Seeding Defaults：默认Slicer3基准点种子。

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IO：IO面板-输入输出参数设置

• Input DTI Volume（输入DTI数据）：选择现有的张量数据（DTI）。
• Output Fiber Bundle（输出纤维束）：默认为“FiberBundle”，示例选择“Create new FiberBundle as…”并命名为“FB-Brain”

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Seeding：种子

• Input Fiducials，Model or Label Map：选择一个现有的基准点列表、模型或标签映射体数据作为跟踪的种子。
• Seeding Label Value：种子标签值，默认为1。
• Seed Spacing（mm）：种子间距，表示选取种子间的距离，单位为毫米，这个功能只有在没有勾选使用索引空间复选框时才有效。
• Use Index Space：使用索引空间，勾选后在IJK中选择体素作为种子。
• Random Grid：随机网格，勾选后能够随机放置种子点。

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Update：更新

• 点击“Update”即可在三维视窗中观察纤维束成像情况，调节各参数后，需要重新点击“Update”。

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三、大脑纤维束成像方法：

参数设置如下，其他参数为默认。

• Presets：预设默认为 Slicer4 Interactive Seeding Defaults
• Input DTI Volume：选择张量数据DTI
• Output Fiber Bundle：选择“Create new FiberBundle as…”并命名为“FB-Brain”

操作步骤：

备注：点击图片可以查看清晰大图。

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教程链接：

1、DTI教程01-数据转换

2、DTI教程02-DWI数据加载

3、DTI教程03-大脑掩膜及基准体数据输出

4、DTI教程04-计算弥散张量

5、DTI教程05-弥散张量的标量测量

6、DTI教程06-弥散张量的可视化

7、DTI教程07-大脑纤维束成像

8、DTI教程08-纤维束成像（胼胝体）

9、DTI教程09-纤维束成像（胼胝体）的参数调节

其他链接：

1、教程素材 Dti_tutorial_data（DTI）

2、DTI美图

3、3DSlicer导入DTI数据出现问题求大神指教

4、DTI数据导入问题请教

[CenXJ (陈籼锦)]

我的模型做出来全是绿色的纤维，用的是“天天练”提供的数据。请教：这个是正常结果还是错误结果？

[Caoyufu (曹玉福)]

素材是一样的，提供的信息不全，原因不好说，可能与软件设置及参数调节有关吧，我的做出来默认就是彩色的。也可以考虑选择Color Fiber By Mean Orientation，按照纤维束的走形方向改变颜色。

[CenXJ (陈籼锦)]

再做了一次，还是这样的效果。所有操作均按照教程所设置

[Caoyufu (曹玉福)]

软件的版本是4.9.0吗？还有色表的选择可以试试其他的。

[asnjing]

曹老师，我做出来也是这样的，色表在哪里选择啊？谢谢！

[Caoyufu (曹玉福)]

应该与软件的版本相关，纤维束颜色在模块：Tractography Display中的Fiber Bundle Coloring中进行更改。

[asnjing]

曹老师，是只改rainbow那个选项吗？为什么选别的跟之前差不多？

这是raninbow的颜色

这是reverserainbow的，是我随便选的一个

是改下面哪个选择呢？谢谢曹老师！

[Caoyufu (曹玉福)]

你更换最新的软件版本（2018-06月之后）试试，既然大脑的纤维束做出来了，就进行后续的教程吧。

[asnjing]

那我先学好了再换吧，我用的4.8.1。之前装过4.9，卡的带不动

[Dr.Xie]

选择Color Fiber By Mean Orientation试试.

[kucafe (可乐咖啡)]

我的也这样，第一次搞。继续研究。

[yanghaier (yang hai)]

老师您好，我是第一次用3dslicer 我需要通过配准的FA图像得到脑纤维束图像并统计各个脑区之前链接的纤维个数。我现在遇到的问题是，我怎么导入我的脑区模板呢，我在seeding那一栏点击select a MakupsFiducial没办法选择我引用的脑区模板。请问老师这个怎么解决啊？

[Caoyufu (曹玉福)]

你是指Mask吗？建议另贴提问，这个是教程贴。

[yanghaier (yang hai)]

ok 谢谢啦，我去其他地方提问。

[yanghaier (yang hai)]

曹老师，请问一下我的脑怎么是这样的啊，怎么还有嘴巴眼睛鼻子的部分？我是用的我自己的数据，怎么去掉这些得到像您的示例那样只有大脑部分的图像呢？谢谢老师。

[Caoyufu (曹玉福)]

@yanghaier

怎么去掉这些得到像您的示例那样只有大脑部分的图像呢？

在Mask的时候对多余的染色和染色不足的部分要手工修整。

[singdr]

@Caoyufu

Tractography

我在软件里怎么找不到 Tractography seeding模块？