刚接触3D slicer,请问如何保存数据?求助大神

软件版本:4.11
问题描述:加载原始数据,经过场景处理之后的3D 图像,如何在内存中找到并且保存呢?

点击菜单栏的save按钮进行保存即可,可以保存为mrb格式,再次载入后就可以继续进行没有完成的分割或建模等操作。

十分感谢您的回答,
但我想做的是,将经过处理后的数据保存为.vtk格式。也就是说,我经过处理后,保存了处理后的数据,和场景没有关系了,再次打开就是一个新的volume。
是否有提供相关接口,用python来保存? 尚在研究中…
如有建议,不胜感激

你是要保留Volume还是分割的Segment还是models文件?都可以在save中完成,必要时附图说明。

再次非常感谢您的持续回答与关注,
请让我附上图片来说明详细问题:
1.打开一个volume,在volume渲染界面可以看到是一个模糊的立方体。


2.使用各个filter让立方体内的图像变得更加清晰(这里只是简单处理一下方便说明问题)
3.现在我需要保存显示区域的图像,也就是处理过后的图像。点击save,
但是此时save的.vtk文件还是原始数据,并不是在显示区域处理过后的数据。

Volume体数据的3D渲染效果想保存的话,需要保存的文件为.vp,而非vtk,vtk是建模操作后的文件。

可能我没有表达清楚,但是我想保存的并不是渲染的效果。
比如说,我现在的volume 是一个300x300x400的cube,那么这个volume一共有3600w个volume pixel(voxel)值,每个值在0-255之间。我现在在渲染界面对其渲染,比如说,对比度增强,所有像素点全部*2,然后显示区域的图片会明显变亮很多。这个时候,Slicer应该会分配一个内存空间给显示区域的图像数据,我想要的是找到这个内存地址并且获取整个volume的3600w个像素点,而我刚才对其所作的渲染效果,并不是我想要保存的数据,只是一个过程,一个mask而已。

你说的操作是在哪个模块中进行呢?

我理解是在Volume Rendering模块中进行则无法对渲染的结果进行保存,只能保存.vp和Volume数据,再次打开软件时同时导入两个文件。

是的,就是Volume Rendering模块中渲染操作。
渲染后的数据肯定在RAM中(就像是GPU 视频卡上的内存),我想做的就是能不能通过相关python工具接口,找到这个存储地址,并将数据以三维数组的形式(打个比方)保存到硬盘中。

不能。

ok,再次多谢您的耐心回答。
我通过一些python工具包slicer.util 中的getNode方法,可以获取原始数据(三维数组),但是没有相关接口可以获取display area的数据

在官网论坛发帖看看是否有解决方案。https://discourse.slicer.org/

1 个赞

好的,谢谢您的帮助

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