Radiomics模块可以调整pyradiomics设置吗?需要将图像的‘normalize': False改为ture实现图像归一化

软件版本:4.13.0
问题描述:Radiomics模块可以调整pyradiomics设置吗?需要将图像的‘normalize’: False改为ture实现图像归一化。

图为Radiomics模块导出的特征表格信息,感谢赐教!

参考:https://pyradiomics.readthedocs.io/en/latest/features.html#

在RadiomicsCLI模块中可以自定义parameter file。

自定义提取

定制类型

在 PyRadiomics 中有 4 种方法可以自定义特征提取:

  1. 指定用于从中提取特征的图像类型(原始/派生)
  2. 指定要提取的特征(类)
  3. 指定设置,控制预处理并自定义启用的过滤器和要素类的行为。
  4. 指定基于体素的特定设置,仅在使用 PyRadiomics 生成特征图时需要

图像归一化

  • normalize [False]:布尔值,设置为 True 以在任何重新采样之前启用图像的规范化。另请参阅 normalizeImage()
  • normalizeScale [1]:Float,>0,确定图像归一化后的比例。如果规范化被禁用,这没有效果。
  • removeOutliers [无]:浮点数,> 0,定义要从图像中删除的异常值。异常值定义为差异大于nσx 从平均数,在哪里 n>0并且等于此设置的值。如果省略此参数(在参数文件中提供它没有值(即None)将引发错误),则不会删除异常值。如果规范化被禁用,这没有效果。另请参阅 normalizeImage()

radiomics.imageoperations. normalizeImage图片 ,**kwargs[来源]

通过以具有标准偏差的平均值为中心来规范化图像。归一化基于图像中的所有灰度值,而不仅仅是分割内的灰度值。

f(x)=s(x−μx)/σx

在哪里:

  • x 和 f(x) 分别是原始强度和归一化强度。
  • μx 和 σx 是图像强度值的平均值和标准偏差。
  • s是由 定义的可选缩放比例scale 。默认情况下,它设置为 1。

或者,可以删除异常值,在这种情况下, x>μx+nσx 或者 x<μx−nσx 设置为 μx+nσxμx 和 μx−nσx, 分别。这里,n>0并由 定义outliers 。这又由removeOutliers 参数控制。异常值的去除是在图像的值归一化之后但在scale 应用之前完成的。

感谢曹老师赐教,我目前理解的是需要在customization paremater file 一栏中输入自己写好的pyradiomics yaml文件,文件中的setting 一项可以规定normalize及其他的参数,然后软件按照yaml的规定执行操作提取出特征,由此实现了图像的归一化问题,感谢赐教,收益匪浅!