最近的SAM论文,以及nnUnet在slicer 中的使用及配置教程

发布一下分割的几个常见模型再slicer中的使用教程,敬请期待
work-1 sam 在slicer 中的应用,参考git链接: bingogome/samm: A 3D Slicer integration to Meta’s SAM. (github.com)
注意事项:

  1. 需要有GPU,3060 2080ti 测试都可以
  2. 确认CUDA cudnn nvidia 驱动正确安装
  3. 使用conda 管理自己的虚拟环境(如果不会,建议看下李沐老师的书,链接: 安装 — 动手学深度学习 2.0.0 documentation (d2l.ai)

以上已确认无问题,继续往下看:

一些建议:
结合git repo 中的 README.md ,slicer 中的 python console 需要安装 pip的插件

slicer.util.pip_install(“pyyaml”)
slicer.util.pip_install(“pyzmq”)

考虑国内的网络环境,需要指定pip 的安装源,在slicer中,建议作如下修改

slicer.util.pip_install(“pyyaml -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple”)
slicer.util.pip_install(“pyzmq -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple”)

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