软件版本:4.11.20210226
问题描述:各位老师好,我想对肿瘤靶区和肺组织进行勾画,用segment editor勾画好后,如何将勾画好的图像再次输出为dicom格式
勾画的Segment需要在data模块中鼠标右键进行标签图的转换,之后标签图在输出为dicom格式,同样也是在data模块中选中标签图后,鼠标右键点击转换输出为dicom格式。
曹老师,我勾画好了靶区,还是不能输出为勾画后的dicom图像。
调节窗宽窗位就看清了,正确的输出,并不是带有颜色的,只是黑白的二进制图像,0和1,黑和白。
能不能导出非二进制的图啦,就是说,导出segment对应的原始dicom,非segment区域的不显示,或定义HU/灰度无或0
在Segment Editor模块中,利用mask Volume模块即可利用分割结果对Volume进行剪切,达到你说的效果。
尝试了确实可以,不过需要手动调节窗框窗位才行。
有什么设置方法可以让它输出时就是这样吗?
载入之后执行下面的代码,之后再重新输出为DICOM格式即可。
# 导入3D Slicer模块
import slicer
# 获取第一个Volume节点
inputVolume = slicer.mrmlScene.GetFirstNodeByClass('vtkMRMLScalarVolumeNode')
# 确保Volume节点存在
if inputVolume is None:
print("未找到有效的Volume节点,请确保已加载正确的数据。")
else:
# 获取Volume的显示节点
displayNode = inputVolume.GetDisplayNode()
# 设置窗宽和窗位为0
if displayNode:
displayNode.SetWindow(0) # 设置窗宽为0
displayNode.SetLevel(0) # 设置窗位为0
print("已成功将窗宽和窗位设置为0。")
else:
print("未找到显示节点,无法设置窗宽和窗位。")
代码解释
- 获取Volume节点:从场景中选择第一个
vtkMRMLScalarVolumeNode
类型的节点。 - 检查节点有效性:如果Volume节点未找到,输出提示信息。
- 获取显示节点:调用
GetDisplayNode()
获取显示节点,用于调整窗宽和窗位。 - 设置窗宽和窗位为0:调用
SetWindow(0)
和SetLevel(0)
将窗宽和窗位设置为0。 - 操作完成提示:如果设置成功,输出“已成功将窗宽和窗位设置为0”。
注意事项
- 此操作将使Volume显示为黑色白色对比色,仅适用于需要将图像隐藏或调整图像对比度的情况。
- 在执行代码之前,请确保场景中已加载正确的Volume数据。
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非常感谢老师,我补充一下步骤:
在3D Slicer中执行代码的步骤如下:
- 打开Python交互控制台:
- 在3D Slicer界面中,点击菜单栏的“View”。
- 选择“Python Interactor”以打开Python交互控制台。
- 执行代码:
- 在Python交互控制台中,输入或粘贴老师提供的代码。
- 按下回车键执行代码。
- 重新导出为DICOM格式:
- 在3D Slicer中,调整窗宽窗位后,使用“DICOM”模块进行导出。
- 确保导出设置正确,以保存调整后的图像。
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