软件版本:MRIcron中磁共振图像是扁的怎么纠正
问题描述:MRIcron中磁共振图像是 扁的怎么纠正,谢谢
完全一样的问题,请问是怎么解决的
扫描是时候把插值关了,就不会出现这个问题了
这是典型的 各向异性层厚(voxel spacing 不等)+ MRIcron 显示方式 问题,不是真正的“头被压扁了”。
先确认是不是各向异性数据
在 MRIcron 里打开这套数据 → 打开 Header / Image information 面板
(只要能看到 Voxel size / mm 那一行即可)。
一般会看到类似:0.5 × 0.5 × 5.0 mm 这样的数值:
- 前两个是平面内分辨率(x、y),
- 第三个是层厚(z),通常明显更大 → 这就是“扁”的根源。
只想在 MRIcron 里看起来不扁:改 Preferences
-
在菜单里打开 Help → Preferences…(有的版本在 Options/Preferences,下拉菜单名字略有差异)。
-
在弹出的窗口顶部有两项控制各向异性数据的复选框,大致是:
- Reorient images when loading / Reslice images when loading 之类
-
勾选 “Reorient/Reslice images when loading”(或者把上面两个都勾上)。
-
关闭后 重新打开 这套图像。
这样 MRIcron 会在加载时把各向异性数据重采样成接近各向同性的体素,
显示比例就正常了,只是会稍微变得“糊一点”——因为是插值重建。(nitrc.org)
如果只在你这台机上扁、别的浏览器正常
那可能是 DICOM→NIfTI 转换(dcm2niix)版本太老,
某些厂家的 3D 序列会在旧版里被拉伸/压缩。
- 用最新版 dcm2niix 重新转换一次,
- 或在 MRIcroGL 里用
Import → Convert DICOM to NIfTI再转一次。(nitrc.org)
重要提醒
- 这种“扁”大多数时候是 采集本身层厚很粗,
任何重采样都只是插值,不能真正补回细节,
只是为了看着顺眼、做 ROI 方便。 - 如果后面要做精准形态学分析,尽量在采集阶段直接用 各向同性序列(如 1×1×1 mm T1、SPACE 等)。(nitrc.org)
如果你愿意,可以把这套数据的 voxel size 数值发给我(或截图 header 区域),我可以帮你判断是采集问题还是转换问题,以及在 3D Slicer 里应该怎么重采样。
