PET分割

模块教程

用于PET扫描中肿瘤和热淋巴结分割的插件。在PET扫描中点击一个病变(肿瘤或热淋巴结),可以一键进行分割。对于初始分割未能提供预期结果的情况,该工具提供了通过几次点击来细化分割的功能。选项可能有助于处理复杂情况,如在淋巴结链中分割单个淋巴结。

教程 - 基础肿瘤和淋巴结分割
步骤 1) 安装 PETTumorSegmentation扩展模块。

步骤 2) 转到“Segment Editor”模块,加载PET数据。

步骤 3) 选择 “PETTumorSegmentationEffect”。

步骤 4) 点击病变(肿瘤或热淋巴结)的大致中心进行分割。算法会自动产生一个分割,用户可以检查其质量,并在必要时进行修改(请参见下面的分割细化和工具选项部分)。

步骤 5) 分割完一个病变后,增加标签并分割下一个病变。


PET Tumor Segmentation 编辑器效果选项
在算法无法一键产生预期分割的情况下,用户可以使用以下三种交互方式来交互式细化分割:

交互方式 “Create new”:创建一个与之前分割相同标签的新分割。选择后,点击新区域中心附近进行分割。
交互方式 “Global refinement”:在整个分割看起来过大或过小的情况下选择此选项。选择后,点击新边界应该通过的点。这将改变整个分割的边界。
交互方式 “Local refinement”:在大部分分割看似正确但存在局部分割错误的情况下选择此选项。选择后,点击新边界应该通过的点。这将改变分割错误区域的分割边界。
所有交互方式可以多次应用,直到获得期望的分割结果。


工具选项
更改分割选项后,点击 “Apply” 更新分割结果。

选项:

Splitting(分割):通过分水岭或局部最小值切断目标附近的相邻对象。对于淋巴结链很有用。
Assist Centering(辅助定心):将中心移动到7毫米范围内的最高体素,而不在或紧邻其他对象标签上。提高一致性。
Sealing(封闭):如果高于阈值,在对象内部或对象与其他对象之间关闭单体素间隙。对于淋巴结链很有用。
Allow Overwriting(允许覆写):忽略其他对象标签。
高级选项:

Necrotic Region(坏死区域):防止因低吸收而切断。如果在坏死区域内放置中心时使用。
Denoise Threshold(去噪阈值):基于中值过滤图像计算阈值。仅在扫描非常嘈杂时使用。
Linear Cost(线性成本):阈值以下的成本函数是线性的,而不是基于区域的。仅在吸收过渡区域很少或没有时使用。


参考文献

  • R. R. Beichel, M. Van Tol, E. J. Ulrich, C. Bauer, T. Chang, K. A. Plichta, B. J. Smith, J. J. Sunderland, M. M. Graham, M. Sonka, J. M. Buatti: “Semiautomated Segmentation of Head and Neck Cancers in 18F-FDG PET Scans: A Just-Enough-Interaction Approach”, in Medical Physics, 2016. http://dx.doi.org/10.1118/1.4948679
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https://github.com/kyliekeijzer/Slicer-PET-MUST-segmenter

国内源安装成功


pip_install('torch -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple')

请教您一下,使用create new进行分割和步骤四的区别在哪里?