ABL Temporal Bone Segmentation 模块中文教程
ABL Temporal Bone Segmentation 模块由加拿大西安大略大学的 HML 和 SKA 听觉医学生物物理实验室开发，专门用于颞骨CT扫描的分割和处理。该模块结合了空间重采样、标志点配准、刚性配准以及颞骨主要结构的自动推理分割。
该模块依赖于3D Slicer软件中的SlicerElastix模块以及ABLInfer推理服务器或本地Docker实例，用于推理和处理。
1. 模块概述
ABL Temporal Bone Segmentation 模块支持以下功能：
- 重采样：用于调整数据的间距。
- 标志点配准：通过选择CT图像中的标志点进行图像的对齐和配准。
- 刚性配准：自动进行刚性配准，使得扫描的解剖结构更加标准化。
- 推理分割：利用ABL Temporal Bone Segmentation Network进行自动颞骨结构的分割。
此外，该模块还提供了一个批量配准功能，适用于多个颞骨扫描的批量处理。
2. 依赖与要求
- SlicerElastix 模块：该模块需要在3D Slicer中安装SlicerElastix模块，这是一个用于图像配准的工具。
- ABLInfer 服务器：需要一个可用的ABLInfer服务器，或者用户可以选择使用本地的Docker实例来运行推理。
- 系统要求：关于系统要求，用户可以参考Temporal Bone Segmentation Network页面获取详细信息。
3. 使用教程
3.1 加载CT扫描数据
- 首先，将CT扫描数据加载到3D Slicer中。您可以导航到 “ABL Temporal Bone Segmentation Module” 模块页面。
- 如果需要，可以使用CBCTDentalSurgery样本数据集，它为模块提供了足够的扫描数据进行测试。
3.2 选择数据和头部扫描侧
- 选择需要分割的体积数据，并指定扫描是左侧还是右侧的头部。
3.3 标志点选择与配准
- 使用标志点选择功能，在CT扫描图像中选择至少三个点，以便进行图像的对齐。标志点选择需要在扫描图像中精确定位关键解剖点。
3.4 运行自动刚性配准
- 选择“刚性配准”选项，系统将自动完成刚性配准操作，确保图像的结构与标准解剖位置对齐。
3.5 选择感兴趣区域（ROI）
- 配准完成后，选择分割的感兴趣区域（ROI）。确保指定的区域涵盖需要进行分割的颞骨结构。
3.6 运行推理
- 选择使用远程ABLInfer服务器或本地Docker实例运行推理。推理过程将对颞骨结构进行自动分割。
3.7 显示与操作分割结果
- 完成推理后，分割结果将显示在3D Slicer中。用户可以使用3D视图查看分割的颞骨结构，并根据需要进行后续操作和分析。
4. Docker 实例构建与使用
4.1 系统要求
- Docker：需要安装Docker，推荐具有GPU支持的版本。可以在Windows的WSL2 + CUDA环境中进行测试。
- CPU：支持AVX的CPU（Intel ix-2xxx 或 AMD Bulldozer及以上）。
- 内存：至少需要26GB的可用RAM或交换空间（推荐16GB RAM + 额外交换空间）。
- GPU：如果使用GPU，建议VRAM至少为6GB。
4.2 构建Docker镜像
- 切换到包含模型的目录，运行以下命令构建镜像：
docker build -t <image-name> . - 如果出现由于中间镜像问题导致的构建失败，可以使用以下命令解决：
docker build --no-cache -t <image-name> .
5. 相关文档与支持
- ABL Temporal Bone Segmentation Network 可以在DockerHub上获取，用于推理模型的Docker镜像。
- 更多信息可以参考模块的官方GitHub仓库，了解详细的系统要求和最新的功能更新。
通过该模块，用户可以简化颞骨解剖结构的分割任务，自动完成标志点配准和刚性配准，适用于耳鼻喉科手术规划、颞骨疾病的研究等场景。