软件版本:slicer
问题描述:将头骨模型导入slicer后,3d cube会自动框选模型,如何得到这个长方体在slicer中8个顶点的三维坐标?
在 3D Slicer 中,当您导入头骨模型后,3D 视图中的 cube
(bounding box)会自动框选模型,可以通过以下方法获取该长方体的八个顶点的三维坐标:
方法 1:通过 Python 脚本获取边界框顶点坐标
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打开 Python 控制台:在 Slicer 中,点击
View > Python Interactor
,打开 Python 控制台。 -
运行代码:在控制台中输入以下代码,获取模型边界框的坐标,运行前需要将Volume数据的名称更改为“head”,或者将代码中的“head”更改为Volume数据的名称。
# 获取模型节点 modelNode = slicer.util.getNode('head') # 将 'head' 替换为实际模型的名称 # 获取模型的边界框 bounds = [0] * 6 modelNode.GetBounds(bounds) # 提取八个顶点的坐标 vertices = [ (bounds[0], bounds[2], bounds[4]), # (xmin, ymin, zmin) (bounds[1], bounds[2], bounds[4]), # (xmax, ymin, zmin) (bounds[0], bounds[3], bounds[4]), # (xmin, ymax, zmin) (bounds[1], bounds[3], bounds[4]), # (xmax, ymax, zmin) (bounds[0], bounds[2], bounds[5]), # (xmin, ymin, zmax) (bounds[1], bounds[2], bounds[5]), # (xmax, ymin, zmax) (bounds[0], bounds[3], bounds[5]), # (xmin, ymax, zmax) (bounds[1], bounds[3], bounds[5]) # (xmax, ymax, zmax) ] # 输出八个顶点的坐标 for i, vertex in enumerate(vertices, start=1): print(f"Vertex {i}: {vertex}")
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查看结果:运行脚本后,控制台会输出八个顶点的三维坐标。
方法 2:通过标记 Fiducials 获取顶点
您可以使用 Fiducial Markups 工具手动标记边界框的八个顶点:
- 添加标记点:在
Markups
模块中创建一个新的 Fiducial 列表。 - 手动标记顶点:旋转和查看 3D 视图,在模型的边界框的八个顶点处手动添加 Fiducial。
- 导出坐标:完成后,可以在
Markups
模块中导出坐标,或使用slicer.util.getNode('F')
(其中F
是 Fiducial 列表的名称)来获取坐标列表。
通过上述方法,您可以方便地获取长方体边界框在 Slicer 中的八个顶点的三维坐标。