请问将三维模型导入slicer后,如何得到3d cube中各个顶点的三维坐标?

软件版本:slicer
问题描述:将头骨模型导入slicer后,3d cube会自动框选模型,如何得到这个长方体在slicer中8个顶点的三维坐标?

在 3D Slicer 中,当您导入头骨模型后,3D 视图中的 cube(bounding box)会自动框选模型,可以通过以下方法获取该长方体的八个顶点的三维坐标:

方法 1:通过 Python 脚本获取边界框顶点坐标

  1. 打开 Python 控制台:在 Slicer 中,点击 View > Python Interactor,打开 Python 控制台。

  2. 运行代码:在控制台中输入以下代码,获取模型边界框的坐标,运行前需要将Volume数据的名称更改为“head”,或者将代码中的“head”更改为Volume数据的名称。

    # 获取模型节点
    modelNode = slicer.util.getNode('head')  # 将 'head' 替换为实际模型的名称
    
    # 获取模型的边界框
    bounds = [0] * 6
    modelNode.GetBounds(bounds)
    
    # 提取八个顶点的坐标
    vertices = [
        (bounds[0], bounds[2], bounds[4]),  # (xmin, ymin, zmin)
        (bounds[1], bounds[2], bounds[4]),  # (xmax, ymin, zmin)
        (bounds[0], bounds[3], bounds[4]),  # (xmin, ymax, zmin)
        (bounds[1], bounds[3], bounds[4]),  # (xmax, ymax, zmin)
        (bounds[0], bounds[2], bounds[5]),  # (xmin, ymin, zmax)
        (bounds[1], bounds[2], bounds[5]),  # (xmax, ymin, zmax)
        (bounds[0], bounds[3], bounds[5]),  # (xmin, ymax, zmax)
        (bounds[1], bounds[3], bounds[5])   # (xmax, ymax, zmax)
    ]
    
    # 输出八个顶点的坐标
    for i, vertex in enumerate(vertices, start=1):
        print(f"Vertex {i}: {vertex}")
    
  3. 查看结果:运行脚本后,控制台会输出八个顶点的三维坐标。


方法 2:通过标记 Fiducials 获取顶点

您可以使用 Fiducial Markups 工具手动标记边界框的八个顶点:

  1. 添加标记点:在 Markups 模块中创建一个新的 Fiducial 列表。
  2. 手动标记顶点:旋转和查看 3D 视图,在模型的边界框的八个顶点处手动添加 Fiducial。
  3. 导出坐标:完成后,可以在 Markups 模块中导出坐标,或使用 slicer.util.getNode('F')(其中 F 是 Fiducial 列表的名称)来获取坐标列表。

通过上述方法,您可以方便地获取长方体边界框在 Slicer 中的八个顶点的三维坐标。