划分区域并调整CT值到某个范围

问题求助
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怎么样才能同时划分好几个区域
并且把每个区域的CT值调整到我想要的范围内呢？
孩子快被逼疯了也没弄好，哭了

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分区域调节CT值（阈值）只用于显示还是用于分割和计算？详细说明一下课题的要求。

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用于分割和计算，只是用3dslicer处理ct图像把这些圈起来的区域的ct值调整，需要能够保存这些数据，我用threshold只是视觉看着改变了，但是用测量工具测量还是原来的ct值，麻烦老师解答了

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步骤 1：载入Volume数据并进行分割

  1. 载入Volume数据：
  • 在3D Slicer主界面上，点击 Add Data 按钮（或者从菜单中选择 File -> Add Data），加载您的Volume数据（例如 .nrrd 或 .nii 格式）。
  1. 打开Segment Editor并创建分割：
  • 在 Modules 菜单中选择 Segment Editor 模块。
  • 选择您的Volume数据作为 Source volume。
  • 点击 Add 按钮，创建多个分割（Segment_1、Segment_2、Segment_3 等）。您可以手动或使用自动分割工具对每个ROI区域进行分割。
  1. 分割顺序：
  • 按照您的需求，依次创建分割，顺序为 Segment_1、Segment_2、Segment_3 等。

步骤 2：打开Python Console

  1. 打开Python Console：
  • 在3D Slicer的主界面上，点击顶部菜单栏的 View 菜单。
  • 在下拉菜单中，选择 Python Interactor。Python Console（Python Interactor）窗口会出现在3D Slicer界面的底部。
  1. 输入和运行Python代码：
  • 将完整的Python代码粘贴到Python Interactor中。
  • 在最后按 Enter 键执行代码。

代码示例

将以下代码复制并粘贴到Python Console中，然后按回车键运行。此代码将自动识别所有分割（Segment_1、Segment_2、Segment_3等）并应用指定的强度阈值范围。

import SimpleITK as sitk
import slicer
import numpy as np

# 自动查找Volume节点
volume_nodes = slicer.util.getNodesByClass("vtkMRMLScalarVolumeNode")
if not volume_nodes:
    raise ValueError("未找到任何Volume节点。请确保已加载Volume数据。")
volume_node = volume_nodes[0]  # 使用第一个找到的Volume节点
volume_array = slicer.util.arrayFromVolume(volume_node)

# 自动查找Segmentation节点
segmentation_nodes = slicer.util.getNodesByClass("vtkMRMLSegmentationNode")
if not segmentation_nodes:
    raise ValueError("未找到任何Segmentation节点。请确保已加载Segmentation数据。")
segmentation_node = segmentation_nodes[0]  # 使用第一个找到的Segmentation节点

# 获取分割的 Segment ID 和名称
segment_ids = segmentation_node.GetSegmentation().GetSegmentIDs()
segment_name_to_id = {segmentation_node.GetSegmentation().GetSegment(segment_id).GetName(): segment_id for segment_id in segment_ids}

# 为每个分割区域设置阈值范围（可以根据需要调整这些值）
thresholds = {
    segment_name: (min_value, max_value) for segment_name, min_value, max_value in [
        ("Segment_1", 50, 100),  # 示例分割1
        ("Segment_2", 0, 10),    # 示例分割2
        ("Segment_3", 30, 80),   # 示例分割3
        ("Segment_4", -100, 50), # 示例分割4
        ("Segment_5", 20, 70),   # 示例分割5
    ]
}

# 创建一个新的数组，用于存储修改后的Volume
modified_volume_array = np.copy(volume_array)

# 针对每个分割应用阈值
for segment_name, segment_id in segment_name_to_id.items():
    # 检查当前分割是否在指定的阈值设置中
    if segment_name not in thresholds:
        print(f"未为分割 {segment_name} 设置阈值，跳过该分割...")
        continue

    # 获取分割掩膜数组
    segmentation_array = slicer.util.arrayFromSegmentBinaryLabelmap(segmentation_node, segment_id, volume_node)

    # 获取分割的阈值范围
    min_value, max_value = thresholds[segment_name]

    # 应用阈值到当前分割区域
    modified_volume_array[(segmentation_array > 0) & (modified_volume_array < min_value)] = min_value
    modified_volume_array[(segmentation_array > 0) & (modified_volume_array > max_value)] = max_value

    print(f"分割 {segment_name} 的阈值范围设置为 [{min_value}, {max_value}]")

# 将修改后的数据写回到Volume
slicer.util.updateVolumeFromArray(volume_node, modified_volume_array)

# 可选择保存修改后的Volume
output_path = "O:/OneDrive/桌面/test/Modified_Volume.nrrd"
slicer.util.saveNode(volume_node, output_path)

print(f"Volume已根据分割应用阈值，并保存至 {output_path}")

代码说明

  • 自动查找Volume和Segmentation节点：代码会自动查找第一个Volume和Segmentation节点，无需指定具体名称。
  • 设置阈值范围：可以在 thresholds 字典中为每个分割设置所需的强度阈值范围。
  • 应用分割阈值：根据分割的二值掩膜，分别对每个分割区域应用不同的强度阈值。
  • 保存修改后的Volume：将修改后的Volume保存为 .nrrd 文件。

注意事项

  • 请确保在 Segment Editor 中正确命名了分割（例如：Segment_1、Segment_2 等），以便代码能够正确应用阈值。
  • thresholds 字典中的分割名称和阈值可以根据需要自由调整。
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老师您真是妙手回春啊！！谢谢老师！