Radiomios Apply后只输出标题行， 下面没有数据

[pure自然 (高凯旋)]

软件版本：5.6.1
问题描述：初次使用，Segment Editor勾画完靶区后，用Radiomios输出，结果只有标题行，没有数据，用师兄的电脑就没问题。网上查了很多办法都行不通。

[pure自然 (高凯旋)]

提示代码

Python 3.9.10 (main, Dec 12 2023, 02:25:18) [MSC v.1935 64 bit (AMD64)] on win32

日志文件

[Python] 在检查可加载的 1: ES [1] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [10] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [11] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [12] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [13] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [14] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [15] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [16] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [17] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [18] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [19] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [2] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [20] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [21] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [22] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [23] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [24] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [25] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [3] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [4] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [5] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [6] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [7] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [8] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

[Python] 在检查可加载的 1: ES [9] 时，DICOM插件 图片序列 告警：为了准确测量尺寸，可能需要校准图像间距。

…[VTK] ReadImageInformation: Error reading C:/Users/ͮ��/AppData/Local/Temp/Slicer/CAGFG_vtkMRMLScalarVolumeNodeB.nrrd:

[VTK] [nrrd] nrrdLoad: fopen(“C:/Users//AppData/Local/Temp/Slicer/CAGFG_vtkMRMLScalarVolumeNodeB.nrrd”,“rb”) failed: No such file or directory

[VTK]

[VTK] [2024-11-11 15:39:25] I: radiomics.script: Processing results…

[VTK] [2024-11-11 15:39:25] I: radiomics.script: Finished segment-based extraction successfully…

[Qt] DirectWrite: CreateFontFaceFromHDC() failed (指示输入文件 (例如字体文件) 中的错误。) for QFontDef(Family=“ADMUI3Lg”, pointsize=9.75, pixelsize=13, styleHint=2, weight=50, stretch=100, hintingPreference=0) LOGFONT(“ADMUI3Lg”, lfWidth=0, lfHeight=-13) dpi=144

[Qt] DirectWrite: CreateFontFaceFromHDC() failed (指示输入文件 (例如字体文件) 中的错误。) for QFontDef(Family=“ADMUI3Sm”, pointsize=9.75, pixelsize=12, styleHint=2, weight=50, stretch=100, hintingPreference=0) LOGFONT(“ADMUI3Sm”, lfWidth=0, lfHeight=-12) dpi=144

.Done

b’[2024-11-11 15:39:25] I: radiomics.script: Starting PyRadiomics (version: v3.1.0.post2+g146e3bd)\r\n[2024-11-11 15:39:25] I: radiomics.script: Processing input…\r\n[2024-11-11 15:39:25] I: radiomics.featureextractor: Loading parameter file C:/Users/\xcd\xae\xd3\xee/AppData/Local/Temp/Slicer\RadiomicsLogicParams.json\r\n[2024-11-11 15:39:25] I: radiomics.featureextractor: Applying custom setting overrides: {'label': 1, 'correctMask': True}\r\n[2024-11-11 15:39:25] I: radiomics.script: Input valid, starting sequential extraction from 1 case(s)…\r\n[2024-11-11 15:39:25] I: radiomics.script: Processing case 1\r\n[2024-11-11 15:39:25] I: radiomics.featureextractor: Calculating features with label: 1\r\n[2024-11-11 15:39:25] I: radiomics.featureextractor: Loading image and mask\r\n[2024-11-11 15:39:25] E: radiomics.script: Feature extraction failed!\r\nTraceback (most recent call last):\r\n File “D:\3Dslicer\Slicer 5.6.1\slicer.org\Extensions-32438\SlicerRadiomics\Lib\site-packages\radiomics\scripts\segment.py”, line 70, in _extractFeatures\r\n feature_vector.update(extractor.execute(imageFilepath, maskFilepath, label, label_channel))\r\n File “D:\3Dslicer\Slicer 5.6.1\slicer.org\Extensions-32438\SlicerRadiomics\Lib\site-packages\radiomics\featureextractor.py”, line 272, in execute\r\n image, mask = self.loadImage(imageFilepath, maskFilepath, generalInfo, **_settings)\r\n File “D:\3Dslicer\Slicer 5.6.1\slicer.org\Extensions-32438\SlicerRadiomics\Lib\site-packages\radiomics\featureextractor.py”, line 371, in loadImage\r\n image = sitk.ReadImage(ImageFilePath)\r\n File “D:\3Dslicer\Slicer 5.6.1\lib\Python\Lib\site-packages\SimpleITK\extra.py”, line 355, in ReadImage\r\n return reader.Execute()\r\n File “D:\3Dslicer\Slicer 5.6.1\lib\Python\Lib\site-packages\SimpleITK\SimpleITK.py”, line 6249, in Execute\r\n return _SimpleITK.ImageFileReader_Execute(self)\r\nRuntimeError: Exception thrown in SimpleITK ImageFileReader_Execute: D:\D\S\S-0-build\ITK\Modules\IO\NRRD\src\itkNrrdImageIO.cxx:292:\r\nitk::ERROR: NrrdImageIO(0000027B41286620): ReadImageInformation: Error reading C:/Users/\xcd\xae\xd3\xee/AppData/Local/Temp/Slicer/CAGFG_vtkMRMLScalarVolumeNodeB.nrrd:\r\n[nrrd] nrrdLoad: fopen(“C:/Users//AppData/Local/Temp/Slicer/CAGFG_vtkMRMLScalarVolumeNodeB.nrrd”,“rb”) failed: No such file or directory\r\n\r\n[2024-11-11 15:39:25] I: radiomics.script: Processing results…\r\n[2024-11-11 15:39:25] I: radiomics.script: Finished segment-based extraction successfully…\r\n’

[Qt] DirectWrite: CreateFontFaceFromHDC() failed (指示输入文件 (例如字体文件) 中的错误。) for QFontDef(Family=“Fixedsys”, pointsize=9.75, pixelsize=16, styleHint=2, weight=50, stretch=100, hintingPreference=0) LOGFONT(“Fixedsys”, lfWidth=0, lfHeight=-16) dpi=144

[Qt] QWindowsWindow::setGeometry: Unable to set geometry 2618x1346+0+34 (frame: 2640x1402-11-11) on QWidgetWindow/“qSlicerMainWindowWindow” on “\.\DISPLAY1”. Resulting geometry: 2160x1346+0+34 (frame: 2182x1402-11-11) margins: 11, 45, 11, 11 minimum size: 1309x410 MINMAXINFO maxSize=0,0 maxpos=0,0 mintrack=2640,876 maxtrack=0,0)

[Caoyufu (曹玉福)]

从您提供的调试信息和错误日志来看，主要问题似乎在于 Radiomics 扩展在提取特征时无法正确加载生成的 NRRD 图像文件。这可能是由于以下原因之一导致的：

1. 临时文件路径问题

• 日志中显示 C:/Users//AppData/Local/Temp/Slicer/CAGFG_vtkMRMLScalarVolumeNodeB.nrrd 文件路径存在问题（文件路径不完整或乱码），导致 Radiomics 扩展无法找到所需的 NRRD 文件。
• 解决方法：您可以尝试更改 Slicer 的临时文件夹路径，确保路径没有中文或特殊字符。
  • 在 Slicer 中，进入 Edit > Application Settings > Modules，找到 Temporary Directory 设置，将其更改为一个英文路径（例如 C:/Temp），然后重启 Slicer。

2. DICOM 图像间距校准

• 日志中的多条警告提示您的 DICOM 图片序列可能需要校准图像间距。图像间距不准确会影响 Radiomics 的计算结果，甚至导致空输出。
• 解决方法：在 Slicer 中使用 Volumes 模块，检查并手动设置图像的间距。如果不确定间距，可以与师兄的设备上加载的相同图像进行对比。

3. SimpleITK 读取错误

• 错误日志显示 SimpleITK 在读取 NRRD 文件时出现异常。这可能与 SimpleITK 的安装或 Slicer 环境配置有关。
• 解决方法：尝试重新安装 Slicer 的 Radiomics 扩展模块。您可以从 Extensions Manager 中卸载 Radiomics，然后重新安装。确保安装后重启 Slicer。

4. 字体与显示问题

• 从错误信息 [Qt] DirectWrite: CreateFontFaceFromHDC() failed... 可以看出，Slicer 在渲染字体时出现了一些问题。这可能与系统字体设置或 Slicer 的渲染设置有关，尽管它不直接影响 Radiomics 输出，但可能会导致界面异常。
• 解决方法：检查系统字体设置，确保没有缺失或损坏的字体文件，或尝试更新显卡驱动，确保 Slicer 界面渲染正常。

5. 权限问题

• 如果 Slicer 没有权限写入或访问临时目录，可能会导致 NRRD 文件无法生成。
• 解决方法：确保 Slicer 以管理员权限运行，或将临时目录更改为具有完全访问权限的位置。

6. Slicer 版本兼容性问题

• 您的 Slicer 版本为 5.6.1，如果师兄的版本不同，可能是版本兼容性问题。
• 解决方法：确认师兄使用的 Slicer 版本。如果 Radiomics 模块在该版本上运行良好，您可以尝试安装相同版本的 Slicer。

综合建议

1. 尝试将 Slicer 的临时文件目录更改为不包含中文或特殊字符的路径。
2. 检查 DICOM 图像的间距，并根据提示进行校准。
3. 在 Slicer 中重新安装 Radiomics 扩展模块，并确认 SimpleITK 能正常工作。
4. 确保 Slicer 运行在管理员权限下，避免权限限制。
5. 检查 Slicer 版本是否与师兄一致，以排除版本兼容性问题。

示例代码检查 NRRD 文件路径（可选）

如果您想在脚本中检查临时 NRRD 文件是否生成，可以使用以下示例代码：

import os
nrrd_path = slicer.util.tempDirectory() + "/CAGFG_vtkMRMLScalarVolumeNodeB.nrrd"
if os.path.exists(nrrd_path):
    print("NRRD file exists.")
else:
    print("NRRD file not found. Check temporary directory path and permissions.")

希望这些方法可以帮助您解决问题。如果问题仍然存在，可以进一步排查日志中的细节。