软件版本：5.6.2
问题描述：MRI平扫勾画两个ROI，想通过配准然后映射的方式将ROI转到增强图像上，想问问怎么配准、映射，需要保存哪些文件呢？平扫、增强都是冠状位，分别勾画两个ROI非常耗时，想通过配准映射节约点时间，但是试了下，非轴位的原始图像好像不太能配准，配出来的图比较奇怪。另外平时勾画的时候都会保存原始图像、Segmentation、每个ROI的lable文件，通过配准映射的方式需要保存哪些文件呢，想跟前期的保存内容一致又方便以后复核？
冠状位的配准难度较大，自动配准常常导致失败，可以尝试手动标注常见解剖部位来进行配准。
在3D Slicer中，Landmark Registration（Landmark模块） 是一个简单而有效的工具，用于基于手动标注的关键点（landmarks）进行图像配准，特别适合需要精确对齐的任务。以下是详细教程：
前提条件
- 已安装3D Slicer（不分新版本不兼容，可以考虑应用旧版本）。
- 已加载平扫和增强图像。
教程步骤
1. 加载图像
- 打开3D Slicer，加载需要配准的图像。
- 固定图像（Fixed Image）：增强图像（目标图像）。
- 移动图像（Moving Image）：平扫图像（源图像）。
2. 启动 Landmark Registration 模块
- 在 Modules 下拉菜单中，选择
Landmark Registration模块（可通过搜索找到）。
3. 选择图像
- 在 Fixed Volume 和 Moving Volume 下分别选择增强图像和平扫图像。
- 选择一个显示布局（如
Red-Green layout），便于同时查看两个图像。
4. 标注解剖点（Landmarks）
- 在 Landmark Registration 界面中，点击 Add Landmark，开始标注解剖点：
- 在增强图像（Fixed Volume）上，选择一个解剖点（如胼胝体膝部）。
- 同时在平扫图像（Moving Volume）上，标注对应的解剖点。
- 为每一对解剖点提供一致的命名（如
Point1,Point2），以便后续配准。 - 至少标注4-5对解剖点，分布尽量均匀，覆盖感兴趣区域。
5. 执行配准
- 配准类型（Registration Type）：
- 选择 Rigid（刚性配准，保持形状和比例）。
- 如果需要，可以选择 Affine（仿射变换，允许形状缩放）或 Thin Plate Spline（适合非刚性配准）。
- 点击 Run Registration，系统会计算配准变换。
6. 应用配准变换
- 在 Output Transform 中，保存配准生成的变换文件（
*.h5或*.tfm）。 - 切换到 Transforms 模块：
- 加载生成的变换文件。
- 将平扫图像（Moving Image）和对应的 Segmentation 添加到 “Apply Transform” 列表。
- 点击 Harden Transform 应用变换。
7. 保存结果
- 保存映射后的图像和 Segmentation：
- 转到 Save 界面。
- 保存增强图像上的 ROI（Segmentation 或 Label Map）。
关键设置与注意事项
解剖点选择
- 确保选择易辨认的解剖学特征，例如：
- 胼胝体的膝部和压部。
- 松果体。
- 侧脑室三角区。
- 脑干边界点。
点位数量
- 配准点位越多，结果越精确。
- 尽量避免标注过于密集在一个区域，确保均匀覆盖图像范围。
检查配准效果
- 配准完成后，切换到增强图像视图，加载映射后的 ROI。
- 检查 ROI 的位置是否准确，如有偏差，可以回到 Landmark Registration 调整解剖点。
保存文件
保存以下文件以便复核：
- 原始图像（平扫和增强）。
- Landmark 文件（标注的点位列表，可在
Markups模块保存为*.fcsv）。 - 配准变换文件（
*.h5或*.tfm）。 - 映射后的 ROI 文件（Segmentation 或 Label Map）。
常见问题与解决方法
- 标注点偏差导致配准不准确：
- 仔细检查标注点，确保每对点在两幅图像中对应相同解剖结构。
- 增加标注点数量以提高配准精度。
- 配准后 ROI 错位：
- 配准类型不适合（如刚性配准不足以应对较大变形），可尝试仿射或薄板样条变换（Thin Plate Spline）。
- 图像方向或分辨率不一致：
- 在配准前使用 Resample Scalar/Vector/DWI Volume 模块 统一分辨率和方向。
有没有视频教学呢？好不容易两组图像都加了5个解剖点，Run Registration在哪里都找不到，没法进入下一步
你好，请问你解决这个问题了吗，我现在也遇到了这个问题