软件版本:5.6.2
问题描述:MRI平扫勾画两个ROI,想通过配准然后映射的方式将ROI转到增强图像上,想问问怎么配准、映射,需要保存哪些文件呢?平扫、增强都是冠状位,分别勾画两个ROI非常耗时,想通过配准映射节约点时间,但是试了下,非轴位的原始图像好像不太能配准,配出来的图比较奇怪。另外平时勾画的时候都会保存原始图像、Segmentation、每个ROI的lable文件,通过配准映射的方式需要保存哪些文件呢,想跟前期的保存内容一致又方便以后复核?
冠状位的配准难度较大,自动配准常常导致失败,可以尝试手动标注常见解剖部位来进行配准。
在3D Slicer中,Landmark Registration(Landmark模块) 是一个简单而有效的工具,用于基于手动标注的关键点(landmarks)进行图像配准,特别适合需要精确对齐的任务。以下是详细教程:
前提条件
- 已安装3D Slicer(不分新版本不兼容,可以考虑应用旧版本)。
- 已加载平扫和增强图像。
教程步骤
1. 加载图像
- 打开3D Slicer,加载需要配准的图像。
- 固定图像(Fixed Image):增强图像(目标图像)。
- 移动图像(Moving Image):平扫图像(源图像)。
2. 启动 Landmark Registration 模块
- 在 Modules 下拉菜单中,选择
Landmark Registration
模块(可通过搜索找到)。
3. 选择图像
- 在 Fixed Volume 和 Moving Volume 下分别选择增强图像和平扫图像。
- 选择一个显示布局(如
Red-Green layout
),便于同时查看两个图像。
4. 标注解剖点(Landmarks)
- 在 Landmark Registration 界面中,点击 Add Landmark,开始标注解剖点:
- 在增强图像(Fixed Volume)上,选择一个解剖点(如胼胝体膝部)。
- 同时在平扫图像(Moving Volume)上,标注对应的解剖点。
- 为每一对解剖点提供一致的命名(如
Point1
,Point2
),以便后续配准。 - 至少标注4-5对解剖点,分布尽量均匀,覆盖感兴趣区域。
5. 执行配准
- 配准类型(Registration Type):
- 选择 Rigid(刚性配准,保持形状和比例)。
- 如果需要,可以选择 Affine(仿射变换,允许形状缩放)或 Thin Plate Spline(适合非刚性配准)。
- 点击 Run Registration,系统会计算配准变换。
6. 应用配准变换
- 在 Output Transform 中,保存配准生成的变换文件(
*.h5
或*.tfm
)。 - 切换到 Transforms 模块:
- 加载生成的变换文件。
- 将平扫图像(Moving Image)和对应的 Segmentation 添加到 “Apply Transform” 列表。
- 点击 Harden Transform 应用变换。
7. 保存结果
- 保存映射后的图像和 Segmentation:
- 转到 Save 界面。
- 保存增强图像上的 ROI(Segmentation 或 Label Map)。
关键设置与注意事项
解剖点选择
- 确保选择易辨认的解剖学特征,例如:
- 胼胝体的膝部和压部。
- 松果体。
- 侧脑室三角区。
- 脑干边界点。
点位数量
- 配准点位越多,结果越精确。
- 尽量避免标注过于密集在一个区域,确保均匀覆盖图像范围。
检查配准效果
- 配准完成后,切换到增强图像视图,加载映射后的 ROI。
- 检查 ROI 的位置是否准确,如有偏差,可以回到 Landmark Registration 调整解剖点。
保存文件
保存以下文件以便复核:
- 原始图像(平扫和增强)。
- Landmark 文件(标注的点位列表,可在
Markups
模块保存为*.fcsv
)。 - 配准变换文件(
*.h5
或*.tfm
)。 - 映射后的 ROI 文件(Segmentation 或 Label Map)。
常见问题与解决方法
- 标注点偏差导致配准不准确:
- 仔细检查标注点,确保每对点在两幅图像中对应相同解剖结构。
- 增加标注点数量以提高配准精度。
- 配准后 ROI 错位:
- 配准类型不适合(如刚性配准不足以应对较大变形),可尝试仿射或薄板样条变换(Thin Plate Spline)。
- 图像方向或分辨率不一致:
- 在配准前使用 Resample Scalar/Vector/DWI Volume 模块 统一分辨率和方向。
有没有视频教学呢?好不容易两组图像都加了5个解剖点,Run Registration在哪里都找不到,没法进入下一步