我用DSI Studio重建神经纤维素碰到的问题

软件版本:我用DSI Studio重建神经纤维素,点击“Enable autotrack”怎么出现“no tractography atlas associated with the current template”,是软件问题还是哪个设置问题?请大神指点一二。

问题描述

哈哈,问题已经解决了.

你好方便问问是怎么解决的吗,我也遇到了这个问题

出现“no tractography atlas associated with the current template”错误的主要原因是 当前使用的模板未正确关联到DSI Studio内置的纤维束图谱(tractography atlas) ,属于设置问题而非软件本身故障。以下是详细分析和解决方案:


问题根源

  1. AutoTrack的依赖条件
    DSI Studio的AutoTrack功能需要基于预定义的纤维束图谱(如HCP842或ICBM-152图谱)进行纤维追踪。该功能通过将个体数据非线性配准到标准MNI空间,并与图谱中的流线进行Hausdorff距离匹配来识别目标纤维束。若当前模板未关联到这些图谱,则会触发此错误。

  2. 图谱文件缺失或未加载

    • 指出,DSI Studio默认在\atlas\icbm152文件夹中内置了icbm152.tt .gz图谱文件。若安装时未正确配置或文件丢失,会导致无法加载图谱。
    • 若使用自定义模板(如HCP-MMP1.0),需手动将图谱从表面坐标系转换为容积坐标系,否则可能不兼容。
  3. 数据重建步骤未完成
    AutoTrack需要先通过QSDR(Q-Space Diffeomorphic Reconstruction)将数据重建到MNI空间,生成.fib.gz文件。若跳过此步骤或重建失败,模板与图谱的配准会失效。


解决方案

1. 检查并加载正确的纤维束图谱

  • 确认内置图谱路径
    在DSI Studio安装目录的\atlas\icbm152下查找icbm152.tt .gz。若缺失,需重新安装软件或从官网下载补充文件。
    (Mac用户需右键点击dsi_studio.app选择“显示包内容”以访问该路径)

  • 手动加载图谱
    在纤维追踪窗口(Step T3),通过[Tract][Open Tracts]加载图谱文件,例如icbm152.tt .gz或从HCP项目下载的其他兼容图谱。

2. 确保数据重建到MNI空间

  • 使用QSDR重建方法
    在预处理阶段选择QSDR(而非原始空间重建),将个体数据配准到ICBM-152标准空间,生成包含MNI坐标的.fib.gz文件。
  • 验证重建结果:
    检查生成的.fib.gz文件是否包含MNI space标签。若未成功配准,需重新调整重建参数(如各向异性分辨率、b值等)。

3. 检查数据质量与参数设置

  • 数据质量要求
    AutoTrack对数据质量敏感。需确保扩散图像的空间分辨率各向同性b值≥3000 s/mm²扩散方向≥64,且无图像翻转或运动伪影。
  • 参数调整
    在AutoTrack设置中调整以下参数以提高兼容性:
  • 终止条件:QA阈值≥0.06。
  • 最小纤维长度:设为20-30 mm。
  • 容差角度:≤75°以避免过度弯曲。

4. 补充操作(若仍失败)

  • 下载预训练图谱
    从DSI Studio官网或HCP项目下载HCP1065.1mm.fib.gz等兼容模板,替换当前模板。
  • 自定义图谱生成
    若需使用特定模板(如HCP-MMP1.0),通过[Tracts][Save All Tracts As…]将手动追踪的纤维束保存为新图谱,后续加载此文件。

总结

此错误通常由模板与纤维束图谱未正确关联引起。解决步骤包括:(1) 加载内置或兼容的图谱文件;(2) 通过QSDR确保数据重建到MNI空间;(3) 验证数据质量与参数设置。若问题持续,建议参考和的详细流程排查数据预处理步骤。