lablemap和segmentation有什么区别？

[一颗星星 (廖开贵)]

软件版本：5.8.0
问题描述：对ROI进行勾画后，在导出时选择导出lablemap然后保存到文件，和直接导出到文件有什么区别吗？我接下来要用pyradiomics提取特征，应该选择哪个方法？

[Caoyufu (曹玉福)]

你贴的图片显示的界面来自 3D Slicer 的 “分割 Segmentations)” 模块，其实“导出到 Labelmap” 和 “直接导出到 文件” 两种方式看起来类似，但底层区别和适用场景不同，尤其在你要用 PyRadiomics 提取特征 时非常关键

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一、两种导出方式的区别

项目	导出到 Labelmap	直接导出到文件
导出位置	先在 Slicer 场景内生成一个新的 LabelMap 节点（即体素掩膜），之后你可以再另存为 nii/nrrd。	直接将分割结果写成文件（如 NIFTI、NRRD）保存到磁盘。
文件生成逻辑	两步：① Segmentation → LabelMap 转换；② File → Save 保存。	一步完成：Segmentation 自动转换后直接输出到目标目录。
控制参数	可指定参考体积（align、spacing）、是否高精度导出、合并段等。	参数较少，主要依赖当前 Segmentation 内的几何定义。
结果节点	会在 Data 模块里多出一个 LabelMapVolume 节点，可再处理。	不会在 Slicer 场景中生成额外节点，仅在磁盘生成文件。

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二、对于 PyRadiomics 的正确输出格式

PyRadiomics 的输入通常是：

1. 原始影像（CT/MRI） → .nii 或 .nrrd

2. 对应的掩膜（ROI） → 二值 LabelMap .nii 或 .nrrd

推荐导出路径：

先“导出到 Labelmap” → 然后保存 LabelMap 为 .nii.gz 文件

理由如下：

• PyRadiomics 需要掩膜与影像在相同空间、像素间距、方向上严格对齐。
  “导出到 Labelmap” 时可以设置参考体积（Reference volume）来保证这一点。

• 直接“导出到文件” 有时不会自动应用参考影像对齐，可能导致掩膜与原图空间错位（尤其多段 ROI 时）。

• LabelMap 文件是标准的整型标签图（如 0=背景, 1=ROI），正是 PyRadiomics 所要求的格式。

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三、推荐操作步骤

1. 在 Segment Editor 中完成 ROI 勾画；

2. 打开 Segmentations 模块 → Export/Import models and labelmaps；

3. 选择：

   • 操作：导出

   • 输出类型：标签映射（labelmap）

   • 参考数据：选择原始 CT/MRI；

4. 点击 “导出”；

5. 在 Data 模块中右键新生成的 LabelMap → “另存为 (Save)”；

6. 保存为 .nii.gz 或 .nrrd；

7. 将该文件与原始影像文件一起输入到 PyRadiomics。

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四、补充建议

• 若你有多段 ROI（如膀胱壁、腔内、病灶），PyRadiomics 可设置 label 参数指定提取哪一段。

• 导出时若想把所有段合成单一掩膜，可在导出界面勾选 “合并为单个文件”。

• 记得保持 “Use reference geometry” 选中，以确保坐标一致。

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结论：

对于 PyRadiomics 特征提取，请选择“导出到 Labelmap”再保存为 nii（推荐 .nii.gz）。
“直接导出到文件” 虽方便，但容易出现空间不匹配问题，不建议用于定量分析。

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