导入的dcom文件255个,直接导入时进行到46%时卡住,Patch后可正常导入,但只能导入124张,请教一下该怎么处理?谢谢

软件版本:5.8.1
问题描述:导入的dcom文件255个,直接导入时进行到46%时卡住,进行patch后可正常导入,但只能导入124张,请教一下该怎么处理?谢谢

我把你这张 dcm 解析了一遍,把关键元数据和问题点整理给你:backhand_index_pointing_down:


:one: 文件基本信息(正常)

从 DICOM 头里读到:

  • SOP Class:CT Image Storage(CT 图像)

  • Transfer Syntax1.2.840.10008.1.2.1 :backhand_index_pointing_right: 显式小端(Explicit VR Little Endian)

  • 字符集GB18030

  • Modality(检查类型)CT

  • Manufacturer(厂家)Anke

  • 设备型号ANATOM 64 Fit

  • PatientName (0010,0010)怀孕湖羊100天

  • PatientID (0010,0020)B031649_1-3

  • StudyDate (0008,0020)20250828

  • ImageType (0008,0008)ORIGINAL\PRIMARY\AXIAL\HELICAL

这些说明:
:backhand_index_pointing_right: 这是 Anke CT 机采集的一套轴位螺旋扫描,数据本身是标准 CT DICOM 类型。


:two: 空间几何信息(其实是有的)

我直接在文件里查找了几何相关的 tag,结果如下:

  • Rows (0028,0010)512

  • Columns (0028,0011)512

  • Pixel Spacing (0028,0030)0.8729 \ 0.8729 mm

  • Slice Thickness (0018,0050)0.6250 mm

  • Spacing Between Slices (0018,0088)0.6250 mm

  • Image Position (Patient) (0020,0032)-204.9655 \ -223.4642 \ -143.4149

  • Image Orientation (Patient) (0020,0037)1\0\0\0\1\0(标准轴位,行朝 R-L,列朝 A-P)

:backhand_index_pointing_right: 也就是说,几何信息其实是完整存在的,不是那种真正缺 PixelSpacing 的“伪 DICOM”。


:three: 真正的问题:一个关键 tag 被写坏了

出问题的是这一个:

  • InstanceCreationTime (0008,0013)

    • VR:TM(时间)

    • 长度被写成了:2573 字节(严重错误,正常应是 8~16)

    • 开头内容类似:\x00090644.307\x08\x00\x16\x00UI...

也就是说,这个时间字段后面被塞进了一大坨本该属于后面标签的数据,length 写得太大,把后面的 tag 都“吞进来了”

对于严格按顺序解析的程序(比如 dcm2niix、Slicer 的某些插件),一旦在 0008,0013 这里读到离谱的长度,就会:

  • 解析指针错位;

  • 后面的 Rows / Columns / PixelSpacing 等都读不到;

  • 从程序视角看,就变成了 “几何信息缺失或不可信”,于是给出你看到的:

    Reference image in series does not contain geometry information. Please use caution.
    甚至部分场景会直接加载失败 / 转换失败。


:four: 对你“载入失败”的解释

综合现在的情况:

  1. DICOM 本身不是纯假 DICOM,图像数据和几何 tag 都在;

  2. (0008,0013) InstanceCreationTime 的长度字段损坏,导致严格解析时“后面一串头信息乱套”;

  3. Slicer / dcm2niix 在读到这里时会懵掉,于是:

    • DICOM 模块给你警告 “Reference image in series does not contain geometry information”;

    • SlicerDcm2nii 调用 dcm2niix 时直接失败(你之前看到的 exit status 2)。


:five: 怎么修:

:white_check_mark: 最推荐:回 PACS / 原系统重新导出 DICOM

导出时务必选择类似:

  • Original DICOM / 原始图像”

  • 不要转成二次捕获 / JPEG / 压缩报告格式

大概率重新导出的文件这个 0008,0013 就不会坏。


:white_check_mark: 如果没法重导,可以“手工急救”这个字段

pydicom 或 dcmodify(0008,0013) 改成一个正常的时间字符串,例如 090644.307

示例(dcmodify 命令行,对单个文件:

dcmodify --insert "(0008,0013)=090644.307" 000.dcm

或用 pydicom 批量修:

修完后再:

  • 用 dcm2niix 试一次转换;

  • 或重新在 Slicer DICOM 模块 Import + Load,看看是否还提示 geometry 警告。


:six: 你这张 dcm 的关键信息小结

给你一行版方便记:

Anke ANATOM 64 Fit CT,512×512,FOV 像素间距 0.8729mm,层厚/层间距 0.625mm,Orientation 标准轴位,患者:怀孕湖羊100天,检查日期 2025-08-28;文件元数据在 (0008,0013) InstanceCreationTime 处损坏,导致部分程序加载/转换失败。

如果需要我编程解决可以私信给我,或者加我微信,微信号:caoyufu