可以尝试应用稳定版本，你应用的5.9.0为开发版本，目前稳定版本为5.10版本。
官网下载地址：https://download.slicer.org/
从你这张截图可以把“黑屏 + 不出配准结果 + 反复 VTK 报错”串成同一个原因链：
1）日志含义
vtkImageMapToWindowLevelColors / vtkImageThreshold … has 0 connections 的意思是：某个切片视图正在尝试对“当前要显示的图像”做窗宽窗位/阈值处理，但它拿到的是一幅“空图像（没有 image data，输入端口没连接）”。Slicer 社区对这类报错的直接判断就是：某个 slice view 选中了空图像来显示。 (3D Slicer Community)
2）截图里哪里显示了“空图像”
你的底排（第三排）黑屏视图左下角写着：B: Volume（背景是名为 Volume 的节点），同时画面全黑；这通常就是一个“空 volume/不含像素数据的 volume”被设成了背景，触发了上述 VTK 报错。 (3D Slicer Community)
另外，你 Landmark Registration 左侧的 Transformed Volume / Target Transform 是灰的，说明“配准还没真正激活生成输出”，所以底排也不可能显示到配准后的 transformed volume。教程里明确写到：先选 Fixed/Moving，然后在下面选择 Linear Registration 并勾选 Registration Active，才会自动创建 Target transform 和 Transformed volume。 (Google Sites)
通俗可执行的解决方案（按顺序做，基本一次解决）
A. 先把底排黑屏和报错消掉（30 秒）
（1）在底排任意一个黑屏切片的彩色控制条里，把 Background（B）从 Volume 改成 T1_RCDN（或 T2_RCDN）。
（2）把 Foreground（F）先设为 None（先别叠加），Label 也设为 None。
（3）点一下 “Fit/Reset field of view（适配视野）”。
做完这一步，底排通常立刻恢复图像，VTK 报错也会显著减少或消失。 (3D Slicer Community)
B. 再让 Landmark Registration 真正“开始算”并产生输出（1 分钟）
（1）在 Landmark Registration 模块里向下滚动，找到 Registration Type（线性/薄板样条等）区域。
（2）选 Linear/Similarity/Affine 其中一种，并勾选 “Registration Active”（或等效的 Apply）。
（3）这时模块会自动创建并填充 Target Transform 和 Transformed Volume（不再是灰的）。 (Google Sites)
C. 正确查看“配准后的结果”（避免又选到空节点）
（1）把 Background 设为 Fixed（T1_RCDN）；
（2）把 Foreground 设为 Transformed Volume（刚生成的那个输出）；
（3）用模块自带的 Fade 滑条在两者之间来回切换观察对齐。文档里对 Transformed volume / Target transform 的定义就是用于这种对照。 (3D Slicer)
D. 彻底根治：把那个“空的 Volume”删掉或永远别显示它
到 Data 模块里找到名为 Volume 的节点：
-
如果它确实是空的/不该存在：直接删除；
-
或者至少不要把它设为任何视图的 Background/Foreground/Label。
这类“空 volume”本身就会反复触发你看到的两条 VTK 报错。 (GitHub)
如果你按 A 做完后底排仍黑，请再回一张“底排切片控制条（能看到 B/F/Label 下拉框）”的截图；我就能根据你当前 B/F/Label 的具体选择，直接指出是哪一层还在指向空节点。