3DSlicer扫盲18问-入门知识全在这里！

经验分享
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1、什么是3DSlicer？

3DSlicer是：

  • 用于医学图像的分析（包括配准和交互式分割）和可视化（包括3D渲染）以及用于图像引导治疗研究的软件平台。

  • 适合多种操作系统的免费开源软件：Linux，MacOSX和Windows。

  • 可扩展，具有强大的插件功能，可添加算法和应用模块。

功能包括：

  • 多器官：从头到脚。

  • 支持多模态成像，包括MRI、CT、US、PET、超声和核医学等。

  • 设备的双向接口。

  • 可以对病灶进行建模、3D打印，定位、制定手术规划、手术预演、与家属交代病情、多模态融合（比如镰旁脑膜瘤患者将肿瘤、纤维束、动脉、静脉全部融合在一起）。

使用没有任何限制，目前多应用于研究，发文章不错哦。

2、我在哪里可以下载3DSlicer？

  1. 可以通过访问官方网站下载3DSlicer：https://download.slicer.org

  2. 您还可以使用下载页面中的offset参数获取旧版本。例7天前的下载页面：https://download.slicer.org/?offset=-7

  3. 国外服务器下载失败可以在国内服务器上进行下载，网址为：🅰 3DSlicer软件下载链接 - #22，来自 qdfyjyb

  4. 下载页面包含以下参数：

  • 稳定版本，旧版本，预览版

  • 操作系统：windows、macosx或linux

  • 版本号：version ～

  • 修订版本号：revision ～

  • 修订日期：built ～

3、我在哪里可以下载更早版本的3DSlicer？

旧版本的3DSlicer下载地址：

http://slicer.kitware.com/midas3/folder/274

4、3DSlicer是否有中文版本？

3DSlicer已经推出了国际化的插件，其中包含中文版本。

5、如何安装Slicer？

打开下载网页：http://download.slicer.org，单击与您操作系统对应的链接进行下载，操作系统必须是64位的。

Linux系统： 根据需要替换以下命令中的版本

”(replace version number as appropriate)”
$ tar xzvf ~/Downloads/Slicer-4.6.2-linux-amd64.tar.gz -C ~/

$ cd ~/Slicer-4.6.2-linux-amd64

$ ./Slicer

关于某些Linux发行版的注意事项可能需要额外的软件包，例如对于Debian Linux 9上的Slicer 4.9，如果您遇到错误的库，则可能需要运行此命令：

sudo apt-get install libpulse-dev libnss3 libasound

Windows系统： 双击下载的Slicer-4.10.2-win-amd64.exe程序，按照屏幕上提示进行安装即可。

Mac OSC系统： 双击下载的Slicer-4.10.2-macosx-amd64.dmg程序包，拖放Slicer.app到桌面或应用程序中。

注：3DSlicer不能应用在安卓或苹果的手机系统。

6、3DSlicer真的免费吗？

3DSlicer是真正免费使用的，而且开放源代码，并没有像其他软件试用版本的功能缩减。

7、我在哪里可以找到3DSlicer爱好者？

官方有一个Slicer社区开放论坛，英文交流。

https://discourse.slicer.org

国内我们也建了一个Slicer中文论坛，注册人数超过1.2万人，中文交流更方便。

https://forum.slicercn.com

同时我们还有六个微信交流群，如果您对3DSlicer感兴趣，可以加caoyufu微信好友，注明姓名医院专业，方便拉入微信群进行交流学习。

8、我可以使用3DSlicer对病人进行治疗吗？

在美国3DSlicer目前用于研究工作，没有FDA批准或任何其他组织的批准应用于临床。使用3DSlicer的用户有责任遵守当地所有法律法规以及道德和伦理准则。在国内不建议将3DSlicer作为诊疗的唯一手段。

9、3DSlicer无法启动怎么办？

3DSlicer可以稳定运行在Windows 10操作系统上，目前对Windows 8等支持有限，但是，在虚拟机上或通过远程桌面连接到计算机时，可能无法满足此最低要求。另外操作系统需为64位系统。

10、如何卸载Slicer？

  • 在Windows上，从“开始”菜单中选择“卸载”选项。要清理设置和扩展模块，请删除“C:Users〜AppDataRoamingNA-MIC”

  • 在Mac上，删除Slicer.app文件。要清理设置，请删除“〜/ .config / www.na-mic.org /”

  • 在Linux上，删除应用程序所在的目录。要清理设置，请删除“〜/ .config / NA-MIC /”

  • 注：“〜”为用户名

11、我在哪里可以找到3DSlicer教程？

12、我应该使用哪种3DSlicer版本？

  • 通常情况下Slicer3和Slicer4在基础操作方面具有大致相似的功能，但是Slicer3版本不再被主动维护。

  • Slicer5在过去几年中已经修复了上千个错误，不仅扩展了功能，而且经过优化获得了更好的性能。而且sliceer4现在使用ITKv4，其在许多情况下能提供更好的结果。

  • 目前建议应用稳定版：Stable Release:5.6.2，需要注意的是稳定版的修正版本号也在更新。

  • 如果想尝试更多新加入的功能模块，可以同时在电脑中安装预览版。

13、3DSlicer能够应用的数据都有哪些格式？

3DSlicer能够应用的最基本的格式为DICOM，DICOM格式包含有患者姓名、医院、检查日期、扫描方式、层厚等参数，通常CT和MRI扫描都会生成DICOM格式。我们要取得这些数据最简洁的方式是通过PACS系统，或者到影像科刻录光盘。其次Slicer也可以处理nii、nii.gz、nrrd、img等格式。

3DSlicer也可以处理一系列的jpg、tiff或png格式，但需要知晓图像的比例尺和层厚数据，处理的效果远不如DICOM。具体载入方法请参照公众号SlicerCN中的相关文章。

14、为什么没有开发Windows 32位程序？

Win 32的应用程序可用内存非常有限，不超过4G，某些算法会将内存耗尽而导致电脑死机。而3DSlicer运行的内存最小要求应该是8G，因为硬件的原因但用户会以为是3DSlicer软件的问题，所以官网也不提供32版本的更新。

15、轴位图像很清晰，但是冠状位和矢状位图像模糊什么原因？

应用于3DSlicer三维重建的数据仅需要轴位、矢状位或冠状位其中之一即可。如导入到3DSlicer中的图像为轴位图像时，3DSlicer会根据轴位图像重建矢状位和冠状位图像，此时如果轴位图像扫描层厚偏大时，轴位图像为原始图像，一般会很清晰，而重建之后的矢状位和冠状位图像则会模糊。要想达到满意的重建效果，建议影像扫描层厚1mm以下，血管重建建议0.625mm。

如下图所示为扫描层厚5mm的头颅CT数据重建效果，原始数据为24幅轴位图像。

下图为扫描层厚0.625mm的头部CTA数据重建效果，原始数据为579幅轴位图像（包括头颈部）。

16、导入数据后界面无图像显示是什么原因？

  • 首先要检查一下数据目录及路径是否为中文，文件名是否为中文，3DSlicer软件不支持中文。
  • 导入出错的其他原因可以参照公众号文章，数据导入教程。也可在3DSlicer中文论坛中搜索“数据”查看相关文章。
  • 数据导入的4种方法：https://forum.slicercn.com/t/topic/265
  • 也可以应用第三方软件转换成nii、nii.gz格式后再导入到3DSlicer中。常用的软件有Mango、Dcm2nii、MRIConvert等，3DSlicer中文论坛中均有下载地址。

17、安装3DSlicer后界面缺少一些插件怎么办？

我们习惯将3DSlicer中的插件称作模块，一些模块是3DSlicer自带的，还有100多个模块是需要在线进行安装的。具体的安装方法可以参照3DSlicer中文论坛中的“关于扩展模块（插件）问题汇总”贴，论坛搜索“模块”即可。

18、什么样配置的电脑能够流畅运行3DSlicer软件？

主流的游戏本电脑为首选，建议多核CPU、内存至少8G，独立显卡GTX1060 4G显存以上配置，最好再配置一块SSD硬盘，读取数据会更快，笔记本电脑屏幕建议15.6英寸或17.3英寸（便携性差）。

公众号文章汇总，请阅读公众号文章汇总

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