构建多模态影像模型的基础-matlab配准

[dcw922]

西安交通大学第一附属医院神经外科 杜昌旺

配准作为多模态3D slicer配准有半智能和手动配准，个人感觉其匹配功能不是很好用。今天我来介绍一下使用matlab 2017b中的spm进行自动配准。

首先将dicom格式数据转换为nii，我选择用MRIcron里的dcm2niigui工具格式选择3D NIfTID nii

然后将dicom文件夹拖到程序中

在原文件夹中生成两个nii文件，一般用以o打头的文件

安装matlab 2017b及SPM12插件请查看官网或网络搜索MATLAB2017B 9、SPM 4。 插件拷贝入matlab中的toolbox。

启动matlab、将spm12添加到路径中

另一种方法

命令行输入spm然后回车运行spm插件

选择第一排任何一个都可以做融合，我选择pet&vbm

弹出对话框

设置参考图像

双击然后按Done，同法设置移动图像。

点击开始图标然后开始配准了

配准后新生成的nii文件名为原文件名前加“r”的那个，然后将参考文件和配准后的文件导入slicer建模，别倒错了哦

如果配准过程中出现如下直线情况

说明两个图像中的原点离图像太远，要将图像的原点放到头颅的图像上
用dispaly可以查看，因为不知道那个系列的图像原点离头颅成像太远，只有一个系列一个系列查看

点origin查看图像原点

用鼠标点击到头颅图像上，然后点set origin，然后选择Reorient保存就可以了，同法检查另一个系列图像，然后重新进入上述配准步骤。

欢迎大家交流。我的微信号：dcw0922

[MYCJACK]

谢谢，软件配齐了。用manggo转的nii用不了。我用MRicron转NII却又不能转成一个文件，可能我的dicom有问题。步步都是坎儿呀。

[MYCJACK]

原来芒果转换成的是nii.gz，不是一样的。

[Caoyufu (曹玉福)]

@MYCJACK

原来芒果转换成的是nii.gz，不是一样的。

Mango既能转成nii，又可以转成nii.gz等其他格式。

[dcw922]

下载最新版，应该可以转换成一个文件，其实生成的两个或多个，用其中一个就行了

[MYCJACK]

谢谢

[MYCJACK]

不知道是什么原因，用这个方法做的配准，结果显示的标签里面，看着是没有达到预想的结果呢?求指点呀
！！！

[dcw922]

上图看看，你是配准的撒？ct，mri还是其他的？

[MYCJACK]

配准后出来的是这样的节目。这个看着就应该是没配准的样子呢。

[dcw922]

你检查一下你的ct的原点，即origin

[dcw922]

用dispaly查看

[time_LiZhenZhu (李珍珠)]

很好的一个帖子，欢迎加入更多有关MATLAB这个神器的帖子。

[kucafe (可乐咖啡)]

我也在学习这个 。调整y原点后，成这样了。
但是导入slicer，CT与MR并不能重合。

[dcw922]

两个系列都要要点volume center，就重合了

[kucafe (可乐咖啡)]

谢谢，dcw929.楼上正解，搞定了。

[rootion]

我按照网上破解版安装顺利激活，按照老师的步骤进行，在开始配准时出现下图，是软件与系统不兼容吗？我试了2013,2017,2018版本，都提示这个！请问如何解决？

[dcw922]

Windows什么版本的？实在不行系统重装

[rootion]

win10系统，正版最新的！不是系统问题，是我的数据有问题，我刚才把数据处理了一下，已经解决问题了！在这里我说一下自己的数据处理，因为我不知道mango转nii的方式，也没有MRIcron，所以就用mango转为nii.gz格式，导入3DSlicer，用3DSlicer转换成nii格式，再导入metlab配对成功，感觉也是蛮笨的办法，不过如果有手上没有以上软件，也不会处理的老师，可以用我这个笨办法！

[rootion]

另外我想请教一下，用CT与磁共振配对，如果以CT为参考的图像，是不是MRA、MRV、T1、T2都要与CT配对！如果我用MRI为参考图像，只要与CT配对就可以了？

[rootion]

@rootion

用mango转为nii.gz格式，导入3DSlicer，用3DSlicer转换成nii格式，

用mango转为nii.gz格式，导入3DSlicer，用3DSlicer转换成nii格式！