构建多模态影像模型的基础-matlab配准

西安交通大学第一附属医院神经外科 杜昌旺

配准作为多模态3D slicer配准有半智能和手动配准,个人感觉其匹配功能不是很好用。今天我来介绍一下使用matlab 2017b中的spm进行自动配准。

首先将dicom格式数据转换为nii,我选择用MRIcron里的dcm2niigui工具格式选择3D NIfTID nii
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然后将dicom文件夹拖到程序中


在原文件夹中生成两个nii文件,一般用以o打头的文件

安装matlab 2017b及SPM12插件请查看官网或网络搜索MATLAB2017B 9、SPM 4。 插件拷贝入matlab中的toolbox。

启动matlab、将spm12添加到路径中


另一种方法

命令行输入spm然后回车运行spm插件

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选择第一排任何一个都可以做融合,我选择pet&vbm

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弹出对话框
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设置参考图像
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双击然后按Done,同法设置移动图像。

点击开始图标然后开始配准了
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配准后新生成的nii文件名为原文件名前加“r”的那个,然后将参考文件和配准后的文件导入slicer建模,别倒错了哦

如果配准过程中出现如下直线情况

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说明两个图像中的原点离图像太远,要将图像的原点放到头颅的图像上
用dispaly可以查看,因为不知道那个系列的图像原点离头颅成像太远,只有一个系列一个系列查看

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点origin查看图像原点

用鼠标点击到头颅图像上,然后点set origin,然后选择Reorient保存就可以了,同法检查另一个系列图像,然后重新进入上述配准步骤。

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谢谢,软件配齐了。用manggo转的nii用不了。我用MRicron转NII却又不能转成一个文件,可能我的dicom有问题。步步都是坎儿呀。

原来芒果转换成的是nii.gz,不是一样的。

Mango既能转成nii,又可以转成nii.gz等其他格式。

下载最新版,应该可以转换成一个文件,其实生成的两个或多个,用其中一个就行了

谢谢

不知道是什么原因,用这个方法做的配准,结果显示的标签里面,看着是没有达到预想的结果呢?求指点呀
!!!

上图看看,你是配准的撒?ct,mri还是其他的?


配准后出来的是这样的节目。这个看着就应该是没配准的样子呢。

你检查一下你的ct的原点,即origin

用dispaly查看

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我也在学习这个 。调整y原点后,成这样了。
但是导入slicer,CT与MR并不能重合。

两个系列都要要点volume center,就重合了

谢谢,dcw929.楼上正解,搞定了。

我按照网上破解版安装顺利激活,按照老师的步骤进行,在开始配准时出现下图,是软件与系统不兼容吗?我试了2013,2017,2018版本,都提示这个!请问如何解决?3

Windows什么版本的?实在不行系统重装

win10系统,正版最新的!不是系统问题,是我的数据有问题,我刚才把数据处理了一下,已经解决问题了!在这里我说一下自己的数据处理,因为我不知道mango转nii的方式,也没有MRIcron,所以就用mango转为nii.gz格式,导入3DSlicer,用3DSlicer转换成nii格式,再导入metlab配对成功,感觉也是蛮笨的办法,不过如果有手上没有以上软件,也不会处理的老师,可以用我这个笨办法!

另外我想请教一下,用CT与磁共振配对,如果以CT为参考的图像,是不是MRA、MRV、T1、T2都要与CT配对!如果我用MRI为参考图像,只要与CT配对就可以了?

用mango转为nii.gz格式,导入3DSlicer,用3DSlicer转换成nii格式!