利用3D Slicer对CT和MRI图像一键配准融合

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济南军区总医院神经外科 王奎重 博士


3D Slicer有强大的配准融合功能,既往推出的General Registration (BRAINS)模块虽然配准精度高,但设置参数较多,过程复杂,初学者难以掌握。本文介绍另外一个配准模块Elastix,可以对CT和MRI图像一键配准。


1.下载并打开3D Slicer4.8.1软件,安装扩展模块Elastix。关闭并重新打开3D Slicer,载入CT(6 1)和MRI(Ax 3D T1BRAVO)图像数据。在前景和背景窗口中可以看到CT和MRI图像未重叠。


2.打开registration-general registration(Elastix)模块,在fixed volume栏里选择磁共振数据(Ax 3D T1BRAVO),moving volume栏内选择CT数据(6 1),设置输出volume和transform名字,其余为默认选项。点击Apply。

3.稍等片刻,即可配准成功。在窗口前景中选择磁共振数据(Ax 3D T1BRAVO),背景中选择新输出的数据volume,调节滑动条透明度,即可显示CT和MRI图像配准效果。


4.最后别忘了保存,可见新生成两个mha文件存在其默认文件夹中,时间长了容易变成垃圾文件,可以更改路径存入想要的文件夹。


5.若要进行图像融合,可以打开Add Scalar Volumes模块,输入磁共振(Ax 3D T1BRAVO)和数据volume,设置新融合的数据名字,点击Apply即可融合在一起。


图像配准和融合是两个不同的概念,配准是两张图像的空间位置改变使其重叠,但还是各自原来的图像。融合是两张图像融为一体不能分开,有关融合方法我以前有过介绍,这里不再赘述,实际应用中只需要配准功能就足够了。本文介绍了利用3D Slicer对CT和MRI图像一键配准融合,可以快速实现同一患者不同模式图像的融合,操作过程中也可以调节不同参数及选择不同的预设模板(preset)。笔者在实际应用中发现不同机器扫描图像通过3D Slicer打开时甚至不能在一个视野中,这可以通过粗略变换图像坐标实现;即便同一个病人扫描的MRI数据,由于扫描时间长不同序列间还是有细微的位置改变,而通过3D Slicer配准功能,可以消除这些肉眼所见到的位置改变。


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配准是多模态融合的基础,Elastix很好的解决了这个问题。 :+1:

融合应用场景较多:

1、比如DSA造影的3D旋转,可以将左侧与右侧的数据融合到一起。

2、CT的颅骨与MRI的脑组织融合在一起。

3、垂体瘤核磁数据与蝶鞍骨质融合在一起。

4、颅骨与剪切之后的CTA动脉瘤融合在一起。

5、MVD血管和神经融合在一起。

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配准后生成的形变域的坐标是怎样的呢?原点在什么位置呢?


这个是输出形变域中的说明文件,形变域是184844521维的,原图像是256256*94的

你好,可以将此方法将颅脑MRI的DWI和CBV图像配准吗?配准后得到的两个MHA文件,是配准后的还是原图像呢?

想问一下,左侧和右侧的数据如何配准融合呢

脑血管造影的时候,左侧和右侧是分别成像的,可以应用add scalar volumes将图像进行融合,前提是先进行配准才行,但是能不能配准满意是一个问题。

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请问这个Add Scalar Volumes模块需要安装吗?怎么安装呢?

不需要安装,在模块搜索框中输入add即可模糊搜索到。