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问题描述:想请教各位,图像已经在ITKSNP上勾画好ROI,如何讲已勾画好的图像导入slicer,并进行影像组学特征提取?
1、数据导入:查看相关教程
2、特征提取:安装扩展模块radiomics模块
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有同样的问题,想问下具体教程步骤哪里可以找到,可以安装好pyradiomics模块了
您好,请问您这个问题有解决吗?我一直找不到解决的方法,如果您找到了,可以分享一下吗?万分感谢
如果空间坐标一致,导入成功的话,提取影像学是机器自动完成的。
我发现最新版本的3dslicer可以识别医院系统勾画的ROI,首先导入DICOM,在segment editor中选择已经勾画的ROI,接着在radiomics进行提取特征
那就是导入的时候选择Segmention模式导入
曹老师,我看文献报道中利用radiomics可以提取1000~2000个左右特征,但我每次只能提取100个左右的特征。我问了一些做影像组学的老师,回答我说是滤波器设置的不同。请问,3d slicer软件中的radiomics包中该怎么设置滤波?
可以提取1800多个特征,需要更改相应的Params.yaml配置文件
打开Params.yaml文件,做如下编辑即可。
setting:
binWidth: 25
label: 1
normalize: True
interpolator: 'sitkBSpline'
resampledPixelSpacing:
weightingNorm:
imageType:
Original: {}
Wavelet: {}
LoG: {sigma: [0.5, 1.0, 2.0, 3.0, 4.0]}
Square: {}
SquareRoot: {}
Logarithm: {}
Exponential: {}
Gradient: {}
featureClass:
shape:
firstorder:
glcm:
glrlm:
glszm:
gldm:
ngtdm: