如何使用3Dslicer进行特征提取

软件版本
问题描述:想请教各位,图像已经在ITKSNP上勾画好ROI,如何讲已勾画好的图像导入slicer,并进行影像组学特征提取?

1、数据导入:查看相关教程
2、特征提取:安装扩展模块radiomics模块

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有同样的问题,想问下具体教程步骤哪里可以找到,可以安装好pyradiomics模块了

您好,请问您这个问题有解决吗?我一直找不到解决的方法,如果您找到了,可以分享一下吗?万分感谢

如果空间坐标一致,导入成功的话,提取影像学是机器自动完成的。

我发现最新版本的3dslicer可以识别医院系统勾画的ROI,首先导入DICOM,在segment editor中选择已经勾画的ROI,接着在radiomics进行提取特征

那就是导入的时候选择Segmention模式导入

曹老师,我看文献报道中利用radiomics可以提取1000~2000个左右特征,但我每次只能提取100个左右的特征。我问了一些做影像组学的老师,回答我说是滤波器设置的不同。请问,3d slicer软件中的radiomics包中该怎么设置滤波?

可以提取1800多个特征,需要更改相应的Params.yaml配置文件

打开Params.yaml文件,做如下编辑即可。



setting:
  binWidth: 25
  label: 1
  normalize: True
  interpolator: 'sitkBSpline'
  resampledPixelSpacing:
  weightingNorm:
imageType:
  Original: {}
  Wavelet: {}
  LoG: {sigma: [0.5, 1.0, 2.0, 3.0, 4.0]}
  Square: {}
  SquareRoot: {}
  Logarithm: {}
  Exponential: {}
  Gradient: {}
featureClass:
  shape:
  firstorder:
  glcm:
  glrlm:
  glszm:
  gldm:
  ngtdm: