软件版本:4.0.1
问题描述:请问下slicer 3d中的radiomics模块可以批量提取影像组学特征吗?
可以批量提取一个ROI的影像组学特征,如果批量提取多个病例的多个ROI影像组学特征需要用到编程。
您好,想问问编程的话应该怎么做呢?
3D Slicer 支持使用Python脚本进行批量处理,你可以通过编写脚本来提取多个 ROI 的特征。SlicerRadiomics 可以直接在 Slicer 中调用,也可以通过命令行调用 PyRadiomics 来实现自动化批量处理。
示例代码(仅参考):
import radiomics
from radiomics import featureextractor
# 定义参数文件
params = "path/to/Params.yaml"
# 加载你的影像和标签
image_path = "path/to/your/image.nii"
mask_path = "path/to/your/mask.nii"
# 创建特征提取器
extractor = featureextractor.RadiomicsFeatureExtractor(params)
# 批量处理多个ROI
rois = ["ROI1", "ROI2", "ROI3"] # 多个ROI
for roi in rois:
mask = load_your_roi_mask(roi) # 自定义加载ROI mask的函数
result = extractor.execute(image_path, mask)
print(result) # 输出特征
步骤:
- 准备你的影像文件和多个ROI的掩膜文件。
- 使用循环批量导入影像和ROI,并调用 PyRadiomics 提取特征。