Caoyufu
(曹玉福)
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二、学习目标：场景数据保存、体数据保存
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保存MRML文件（场景文件）：
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保存MRB文件（医疗现实束）：
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保存Volume文件（体数据）：格式可为nrrd、nii、nii.gz、img等。
三、思考题：
以下答案有错误之处还请批评指正，并跟帖说明，在此表示感谢。
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mrml与Nrrd格式有什么不同？
参考答案
3DSlicer的数据类型包括场景数据（mrml、mrb）、体数据（nrrd、nii、nii.gz、）、模型数据（vtk、stl、obj）、基准点数据（.fcsv）、变换数据（.tfm、.h5）、颜色表数据（.ctbl）等。
mrml为场景数据类型，为3DSlicer特有的一种文件类型，保存时需要与其他数据一同保存，下次直接导入mrml数据即可进入到上次退出时的视图界面，因mrml数据包含有应用程序的状态和可视化参数。
nrrd为体数据文件，其他数据是在体数据的基础上生成的，单纯保留的nrrd格式文件可以应用，而单纯保存的mrml文件是不能应用的。
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nii与nii.gz格式有什么不同？
参考答案
nii是NIfTI格式文件的扩展名，是未压缩格式，nii.gz为压缩之后的数据，两种数据都是体数据。
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如何做到关闭场景而不关闭软件？
参考答案
菜单（File）→关闭场景（Close Scene）
快捷键：Ctrl+W
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下次打开软件想进入到当前的视图界面，如何进行数据保存？
参考答案
保存为mrml或mrb类型数据，保存为mrml格式时尚需要勾选nrrd、vtk等文件一同保存。
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选择保存为img格式文件时，存储文件为什么会是两个（.img、.hdr）？
参考答案
Analyze格式储存的每组数据组包含2个文件，一个为数据文件，其扩展名为.img，包含二进制的图像资料；另外一个为头文件，扩展名为.hdr，包含图像的元数据。
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Caoyufu
(曹玉福)
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nii.gz为压缩后的nii格式，数据会有压缩，成像质量会有一定程度的下降。
mrml（场景数据）包含了Slicer 应用程序的状态、原始数据和可视化参数等多种数据，例如（Volumes-体数据； Models-模型数据；Transforms-图像变换方式数据；Fiducials-基准点数据等），但保存及导入数据的时候，需要将体数据（Nrrd、nii、nii.gz）、模型数据（vtk、stl、obj）、基准点数据、变换数据同时导入到软件中才行。
mrb：实际上是一种压缩格式，mrml格式需要单独保存各个数据，而mrb是将场景内的所有的数据打包压缩保存，下次导入mrb数据时，一个也不少，自动恢复到上一次的编辑视图。
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嗯，明白了。
nrrd与nii可以认为相当于JPG、JPEG与png的区别，不同的体数据格式而已。
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Caoyufu
(曹玉福)
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知识点：
NRRD数据表示图像的所有信息。
3D Slicer除了对DICOM数据支持外，还对Analyze和NIfTI数据提供支持。
Analyze格式储存的每组数据组包含2个文件，一个为数据文件，其扩展名为.img，包含二进制的图像资料；另外一个为头文件，扩展名为.hdr，包含图像的元数据。
Analyze格式是fMRI早期最常用的格式，现在逐渐被NIfTI格式所取代。Analyze格式的缺点是头文件不能真正反映元数据。
NIfTI格式最重要的特征是能反应MRI的像素指数与空间位置。标准NIfTI图像的扩展名是.nii，包含了头文件及图像资料。
单独的.nii格式文件的优势就是可以用标准的压缩软件（如gzip），而且一些分析软件包（如FSL）可以直接读取和写入压缩的.nii文件（扩展名为.nii.gz）。
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Caoyufu
(曹玉福)
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知识点来源于网页：http://www.cnblogs.com/yanghelin/p/8708456.html
因非医学影像专业，对于像素指数也无法做出确切的定义，只是大概的理解意思，不影响对软件的使用就可以了。也期望大家遇到问题的时候，自己先查找一下，发帖普及也惠及别人，提高效率，节省的时间更多的用于软件的普及而非对个别专业术语的纠结。
yy_yeah
(yy_yeah)
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我点开SAVE 看到是这个界面，能告诉我以上数据都说明什么？
我该怎么操作下一步吗？
Caoyufu
(曹玉福)
9
MRMl为场景数据，nrrd为体数据，png为图像数据，最常用的保存形式是nrrd格式的体数据保存。
勾选需要保存的文件，更改保存文件路径后，点击“Save”进行保存。
yy_yeah
(yy_yeah)
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点了，点保存的时候出现了这个界面，是不是说明保存不了？
点了yes后又弹出这个，意思大概也是导不出数据啊？
yy_yeah
(yy_yeah)
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save后文件夹里出现了
这些文件；然后下一步是吧这些文件重新导入slicer吗？
导入后出现的是
为什么出现这样的情况？
Caoyufu
(曹玉福)
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2SS30.nrrd应该是体数据文件，而999 Dose Report.nrrd貌似是报告模板样影像数据。
你导入的数据名称B:Ma…，并不是你存储的数据2SS30.nrrd，导入过程自己仔细查看一下出现的具体原因，现在无法分析，除非将所有文件打包发我才能知道。
yy_yeah
(yy_yeah)
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我弄明白我之前出现的问题了。
之前我没用练习题里面的素材，自己从办公电脑上拷贝数据
（本站里面有一篇专门教怎么从华海系统拷贝数据的文章）
拷贝下来的数据中有很多不同的数据（包括报告，影像和一些其它信息），
所以会出现上述情况
我用练习素材弄的话，就没问题了（之前没注意看有练习素材）
感谢曹主任的教导
Nsurgeon
(Nsurgeon)
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数据保存路径可以更改的吧？不影响下次数据的使用，因为默认保存在C盘。
，原来是中文目录的原因 
