天天练019-标签映射体数据(Label map Volume)之一

一、学习素材: Slicercn002

二、学习目标:制作背板的标签映射体数据(label map Volume)

  1. 加载体数据(Volume)

    imageimageimage

  2. 进入编辑模块

    :one: 核心模块区选择编辑模块 image

    :two: 或模块列表搜索区选择或搜索 Editor image

  3. 弹出对话框中选择颜色映射表(默认GenericAnatomyColors)

    image

  4. 创建和选择标签映射体数据:如下图为软件默认创建的标签映射体数据名称。

    image

    如果同时有两组以上体数据时,就需要选择主体数据和创建融合体数据了。

    :one: 主体数据(Master Volume):选择需要的背景体数据。

    :two: 融合体数据(Merge Volume):选择Create new LabelMapVolume进行创建,作为存储编辑结果的体数据。

  5. 添加结构(Add Structure):定义2个新的标签体数据用于后续操作。此处的“结构”可理解为用组织结构名称(如bone、skin、blood等)命名的标签体数据。

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  6. 阈值法:创建背板的标签映射体数据,用到工具组合 image + image

    查看详细步骤

    :one: 在单结构体数据(Per-Structure Volumes)列表中选择001-tissue。

    • image

    :two: 选择阈值工具(ThresholdEffect),阈值范围如下图,点击运行(Apply)。

    :three: 在切片视窗中可见背板完全染色,与黑色背景(空气密度)区分开即可。

    :four: 选用存储岛工具(SaveIslandEffect)点击需要保存的背板,未与背板相连的染色部分被自动移除。

    :five: 在单结构体数据(Per-Structure Volumes)列表中选择002-bone。

    • image

    :six: 选择阈值工具(ThresholdEffect),阈值范围如下图,点击运行(Apply)。

    :seven: 在切片视窗中可见背板完全染色(bone),与黑色背景区分开。

    :eight: 选用存储岛工具(SaveIslandEffect)点击需要保存的另外一块背板,未与背板相连的染色部分被自动移除。

  7. 全部融合(Merge All):定义各个结构后,使用全部融合按钮将所有结构融合到当前的融合体数据(Merge Volume)中,直接执行下面步骤9可以省略此步骤。

  8. 切片视窗:可见两块背板同时显示在切片视窗中,分别为绿色(001-tissue)和黄色(002-bone)。

  9. 融合并创建(Merge All Build):调用建模模块(Model Maker Module)从融合体数据中创建一组模型。

  10. 3D视窗:模型创建之后显示在3D视窗中。

  11. 数据查看:如下图可在Data模块中查看新创建的数据。

    image

    数据解读

    HCT cropped:载入的体数据,也就是背景体数据,主体数据。

    HCT cropped - label:融合体数据,相当于单结构体数据的和。

    HCT cropped - tissue - label:单结构体数据,以颜色映射表中预置的名字tissue(组织)命名。

    HCT cropped - bone - label:单结构体数据,以颜色映射表中预置的名字bone(骨)命名。

    Model_1_tissue:模型(tissue)。

    Model_2_bone:模型(bone)。

三、思考题:

  1. 此例中分别选用tissue和bone有什么特殊含义,可以选用其他结构吗?是否需要将tissue和bone重新命名?

    参考答案

    当需要创建的单结构体数据较多时,在颜色映射表中可以选用“右背板、左背板”(如果有的话,目前不支持中文)命名替代tissue和bone,以便于记忆,常用的组织结构如皮肤、骨、血液、左侧基底节、右侧脑室、三脑室等已经命名好了,搜索后选用即可。此例因绘制的结构不多,选用tissue和bone,能够区分开来就行。需要绘制的组织结构较多容易混淆时,建议在颜色映射表中选用以相应结构命名的列表颜色,或者在Data模块中对相应结构命名的体数据名称进行修改。

  2. 因本次天天练主题专业术语难于理解,请大家用通俗易懂的语言描述一下本课的主要内容,便于初学者理解和记忆!采用者将提升论坛等级到3级,可访问高级会员相关分类主题内容。


天天练主题索引


我也是新手,说说我的理解望大家指正:

Editor可以为我们标注不同的解剖结构,面对切片视图中黑-灰-白的图像,我们给不同的解剖结构“涂上”不同的颜色,岂不是使各解剖结构或病变结构更加一目了然。于是,我们开始上色。有没有想起什么呢?对,是不是很像之前号称减压神器的《秘密花园》绘本。《秘密花园》是在黑笔勾勒出的图像上涂抹不同的颜色,最终形成一幅五颜六色的画作。与之相似,我们的目的是为不同的组织选择不同的颜色,然后在黑-白-灰的切片视图上“涂画”,区别是这种涂画为三维立体式的,最终目的是想让它显示为3D模型。

因此,根据教程中的操作。我们首先为称为背景体数据的“对象”选择颜色(Add Structure),然后选用涂色的工具(笔刷、套索、阈值、保存岛等工具),接着就是开始涂色了,不同的结构我们想涂成不同的颜色。还需要说明一点,我们“上色”并非在原图直接涂色,而是在原图上“蒙上一层纸”,每一层纸涂一种颜色。最后一步就把所有涂色的“纸”合并(Merge all),也就得到了融合体数据,最后再建模操作,就得到了最终的模型。玩过PS的朋友对上述过程肯定不陌生,这就是图层的概念。

啰啰嗦嗦写了很多,实在是有班门弄斧之嫌疑!

大家将就着看吧,曹主任发布的教程已经很详细了,建议大家边读边练!

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我的理解是在一个地图上按照区域位置划分不同的板块,比如地图上的各个省,然后图上颜色加以区分建成立体模型,最主要的是这些板块不能重叠。而segment可以将一个地图提取多次,每次提取是一个独立的,所以区域可以重叠。所以要重建多个结构的时候,建议用segment。单个结构可以用editor。我是不喜欢用editor的。

写得非常好,只有纸的形容不太妥当,纸为平面,而文中所述为立体涂色。

因您的积极参与,论坛级别提升为3级,成为高级会员类别,可以查看更多内容。

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我现在也是以Segment Editor为主,Editor基本不怎么用,但是学习的时候要掌握Editor的用法,掌握之后学习Segment Editor会很快。Segment Editor里面的工具大同小异,而且实时显示效果,确实优点很多,唯一的缺点就是对电脑的配置要求偏高。以后Segment Editor逐渐会取代Editor的所有功能,而且更强大。

因为我觉得整个操作流程是先切片视图,然后立体建模。所以才有了“纸”的说法 :grin:

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这解释非常好,我看了后对这前的疑惑解开了不少
谢谢

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这一课看懂了,而且觉得应该是很实用的一课,但很可惜,可能是我电脑的问题,标注背板的时候总是出现

哪位电脑大神看看是提示什么?谢谢!

截图规范 :+1:

出现这样的问题是软件本身的bug,在早期版本经常出现,后来我干脆就同时安装多个版本,哪一个版本使用过程中稳定性比较好,就留下来,等到新版本使用稳定的话,再删除旧的版本。

比如我现在始终在用的2017-10-14版本,就是提取CTA数据的时候,不用人为区分强化和非强化数据,系统自动读取和区分,后续版本取消了此版本的相应功能。

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我的理解是这样的:患者的检查部位就是一个volume,被各种检查设备检查之后,得到了不同的三维的大数据,这个可以可能是master volume,由于检查设备的不同,检查部位的不同组织成分,造成的master volume的体现出了各种的数值差异,体现在了slice中的颜色或灰度的不同。editor是个人为的工具,就是空白的立体空间,在不同的空间位置上,根据个人的意愿和数据的特点,标示出不同的颜色,个人意愿是比较随意的,可以把共同特性的数据标识成一样的颜色,也可以表示成不同的。然后根据颜色的不同,相同颜色的立体数据通过merge形成一个model。

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通过Merge只是将标签体数据融合在一起,经过build重建才能形成model。

因为我在学习的过程中看到segment里面没有editor里面的存储岛这个工具,所以,而且我发现存储岛这个工具能比较好的区分部分不同的结构,如果在segmengt的功能里我就只能一个个添加再话,步骤非常繁杂,希望曹老师为我指点迷津,但是存储岛这个工具只能区分没有相连的颜色部分,如果在大脑里有很多血管是相连的,那这个区分的功能就不能展现了

在Segment Editor模块中的ISlands工具可以非常容易的解决你说的问题。因工作有点小忙,暂时没有写相关教程。

我是先看论坛的教程的,在过来一步步学习,感觉很多疑惑都解开了。我竟然完全看的懂,多谢曹主任的辛苦付出!

我现在也出现这样的问题了,换了好几个扳本也不行,请问你最后是怎么解决的?

我学习软件这一段时间,不断的建模、编辑,对Editor从教程一步步的练习,在曹主任悉心指导下到后来基本以Segment Editor为主,我谈谈我对Editor的理解。有不足之处海涵。,各位老师都要投论文吧,我们可以把病人的体数据想象为我们投稿的原始论文数据(源数据),Master Volume则是源数据,而Merge Volume是采编数据。我们在Editor上的所有操作就是对论文的编辑。Add Structure,就是增加我们感兴趣的标注数据。可以通过image +image 等工具增加感兴趣的标注数据,Segment Editor中更有其他Add工具,如image ,在对这些标注数据我们可以通过不同的工具不断的修改、编辑,如通过更改颜色达到区分,如保留或删除image ;如缩小或扩大image ;在Segment Editor中更有image +image 等修剪工具,把不需要的数据去掉。而Merge All和 Merge and Build则是保留我们的标注数据成为了采编数据。俗话说的去其糟粕,取其精华。到这里,我们的论文成稿了。以上,我们可以发现,Editor的基本大部分功能都能在Segment Editor上实现,Segment Editor的功能要强大的多。Editor是Segment Editor的基础,Segment Editor是Editor的Pro版本。当然,这里只说了每个工具的简单见解,许多工具的联合应用,还有待进一步学习。个人拙见!

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