天天练018-初涉编辑模块(Editor)

一、学习素材:Slicercn002

二、学习目标:初步熟悉编辑模块(Editor)

在获取医学图像数据之后,很多时候都需要对体数据中感兴趣的区域做进一步的处理。

编辑模块提供给用户一系列的工具用于对图像进行分割操作,包括手工分割操作和应用图像处理算法(如阈值分割、区域生长等)进行自动分割操作。

进入编辑模块

:one: 核心模块区选择编辑模块image

:two: 或模块列表搜索区选择或搜索Editor image

术语解释:

  • 背景体数据 :编辑模块中用于编辑的体数据称为背景体数据。

  • 标签映射体数据(label map Volume :编辑产生的数据存储在新的体数据中,将新的体数据称为标签映射体数据。

进入到编辑模块中会弹出上图对话框,在这里选取Slicer的颜色模块中预置的颜色表,如果没有合适的,用户可以在颜色模块中创建自定义颜色表,点击OK按钮即可选取所需的颜色表。此时模块将生成一个标签映射体数据,它与背景体数据具有相同的维度,方向和间隔,所有体素值初始化为零。

创建和选择标签映射:选取颜色表后进入到此模块用户交互界面。

image

  • 主体数据(Master Volume):选取背景体数据,用户基于背景体数据进行编辑,从而生成所需的标签映射体数据。

  • 融合体数据(Merge Volume):创建或者选择标签映射体数据,作为存储编辑结果的体数据。

  • 单结构体数据(Per-Structure Volumes):对每个标签映射体数据进行操作。

image

  • 添加结构(Add Structure):来定义新的标签体数据,将根据所选的颜色表提示标签值。

  • 分离融合体数据(Split Merge Volume):能够为标签映射体数据中不同的标签值创建。

    点击单结构体数据列表来选择当前所要编辑的标签映射体数据。

  • 删除所有结构(Delete All):可以将多个per-structure volumes从场景上全部移除。

  • 删除选中结构(Delete Selected):可以将选中的per-structure volumes从场景上移除。

  • 全部融合(Merge All):定义各个结构后,你能使用全部融合按钮将所有结构融合到当前的融合体数据中。

  • 融合并创建(Merge All Build):调用建模模块(Model Maker Module)从融合体数据中创建一组模型。

编辑标签映射体数据:创建标签映射体数据后,用户就能够通过编辑模块提供的一系列功能来定义组织结构。编辑模块提供的工具有以下几种。

三、思考题:

  1. 以Red(水平)视窗为例,指出背景层、前景层、标签映射层,分别对应的背景体数据和标签映射体数据的位置?

  2. Add Structure的含义是什么?必须在Per-Structure Volume中添加吗?

    参考答案

    后续章节会有提及,可参考:https://forum.slicercn.com/t/topic/397

  3. 没有显示在Per-Structure Volume中的标签映射体数据如何进行删除、合并等操作?

    参考答案

    GIF


天天练主题索引


1 Like

第一题:

image

第二题:

    Add Structure是为某一解剖结构标注或绘制子图像区域,可以理解给不同的解剖区域上色
    除了per-structure volume,也可以在active tool中添加搜索、选择或直接输入颜色序号。

第三题:

    在切片视窗中选择none或相应数据完成叠加或去除,也可以通过Data模块实现叠加或去除的操作。
2 Likes

这一节偏概念性的东西比较多,专业术语直译晦涩难懂,我们需要理解大概意思即可。结合后续章节的练习,会很容易理解本节的内容。

直白一点的理解就是:不同的结构比如颅骨、背板、血肿等用不同的颜色画出来(三维涂画),之后根据涂画的结果进行建模,颅骨、背板、血肿等就以彩色的模型呈现出来,与其他结构进行区分。背景体数据就是画布,编辑模块中的工具就是我们用于涂画的画笔、笔刷等,颜色映射表就是染料盘,单结构体数据就是我们要选择的红色、黄色、绿色…的颜料。画好的成品就是融合体数据,也就是我们用于建模的素材(不同的结构以不同颜色区分开,一目了然)。

2 Likes

这节真的好难,我看了两三遍,都没看明白!
只知道可以分不同部位(或者层面)标注不同的颜色!
但是我弄了半天还不知道怎么标颜色:joy:

首先对概念有一个大致的了解,继续关注后续的内容,会有一种豁然开朗的感觉,只要你不放弃 :blossom:

科普一下