天天练016-体数据剪切(Crop Volume)

一、学习素材: Slicercn001

二、学习目标:熟悉模块Crop Volume的基本用法

  1. IO面板(IO=输入输出):

    Input volume:输入体数据,要剪裁的原始数据。

    Input ROI:输入感兴趣区域(裁剪框),可以选用已存在的或者新建。

    Output volume:输出体数据名称,剪切之后的体数据名称,不填可以自动生成。

  2. ROI调整方式:

    1、在切片视窗中进行调节:

    • 通过用鼠标拖动彩色球与ROI进行交互。

    2、在三维视窗中进行调节:

    • 通过用鼠标拖动彩色球与ROI进行交互。

    • 通过在Volume Rendering模块中调节滑块更改ROI的位置和大小。

三、思考题:

  1. 体数据剪切常应用于哪些情况?

    参考答案

    1、 You are trying to segment an object that occupies small portion of the image . Cropping the ROI with that object can simplify your segmentation task and reduce both the memory requirements and processing time.

    2、You are trying to segment an image that has very different resolution along different axes (for example, 0.2mm with in an image slice, 1.0mm between slices). Isotropic spacing option ensures that the output volume has equal spacing on all axes. Doing this as part of cropping is useful, because forcing the same (high) resolution in all axes would increase the total number of voxels (and therefore memory need, processing times, etc.), but removing irrelevant parts of the volume can compensate for this increase in size.

    3、You are trying to register two objects that occupy smaller portions of the image . In this scenario, cropping will allow you to focus the processing at the region of interest, and simplify registration initialization.

    4、 Define new axis directions for your image: Interpolated cropping option allows the output volume to have different axis directions that the original volume. The output volume’s axis directions will be aligned with the ROI widget’s axes. ROI widget axes can be rotated using Transforms module.

    翻译参考,欢迎勘误 :monkey:

  2. 应用剪切体数据模块完成如下操作,完成者跟帖(不必贴图占用网站空间)。

    image

    Crop Volume模块使用的详细步骤请参照微信公众号文章: 3DSlicer教程之去除背板(一)

    更多教程及内容请关注微信公众号3DSlicer社区SlicerCN):

    qrcode_for_gh_44161e7f1589_258


天天练主题索引


:pushpin: 请大家对翻译进行勘误,引用后写出正确的翻译结果,原文来源于官网wiki

您正试图分割占据图像一小部分的对象, 使用该对象裁剪ROI可以简化您的分割任务并减少内存需求和处理时间。

您正在尝试分割沿着不同轴坐标分辨率差异很大的图像(例如,在切片图像中为0.2mm,在切片之间为1.0mm)。 各向同性间隔选项确保输出体数据在所有轴坐标上具有相等的间距。 这对剪切部分是有用的,因为在所有轴坐标上强制相同(高)的分辨率会增加体素的总数(并因此增加内存需求,处理时间等),但是去除体素的不相关部分可以弥补增加了的尺寸带来的弊端。

您正在尝试配准占据图像较小部分的两个对象,在这种情况下,剪切将允许您在感兴趣的区域集中处理,并简化配准的初始化。

定义图像新的轴坐标:插值裁剪选项允许输出体数据具有与原始体数据不同的轴坐标。 输出体数据的轴坐标将与ROI小部件的轴坐标对齐。 ROI小部件轴坐标可以使用Transforms模块进行旋转等操作。

1 个赞


为什么我两个栏里都没有Crop volume 选项?

点了下面的链接看了,感觉没看懂!
明天中午再慢慢看一遍!

ROI名称和输出体数据的名称可以自定义的,不拘泥于教程的名称!!!

意思是,output volume 其实只是一个文件夹的名称而已
我们可以随便命名(只要不是中文名字就可以)
这样理解对吗?

完全正确 :+1:

这四段提示的是什么情况下使用Crop Volume及其作用。

是模块的作用:分别是①剪切之后再分割,减少计算量,加快计算速度;②强制各向同性而提高分辨率;③剪切之后更方便进行配准;④更改轴坐标这个功能很有用,后续会讲到。