Caoyufu
(曹玉福)
1
二、学习目标:熟悉脑组织建模的方法
=
模型 =(阈值 笔刷 收缩 保存岛 扩大 模型创建 )
帮助:
选中阈值工具,阈值范围设定为1~150,点击应用。
在红色切片(水平位)视图中选择枕骨大孔层面,笔刷工具擦除单层的标签图。
选择缩小工具,参数选择Eight Neighbors,点击2次应用按钮。
选择保存岛工具,点击绿色标签图,与脑组织不相连的部分(枕大孔下面及颅骨外面)即被清除。
选中阈值工具,阈值范围设置为1~300,点击用于绘画(Use For Paint)。
选择扩大工具,参数选择Eight Neighbors,点击2次应用按钮。
选择MakeModel工具,选中Go To Model Maker跳转到Model Maker模块。
选择平滑,平滑类型选择Laplacian滤波类型,参数设置为10,抽取参数设置为0.25,点击应用。
脑组织建模如下。
三、思考题:
-
应用Volume clip with model模块、对此文中的脑组织建模进行剪切,会得到如下图在VR中显示的血管影像,试着操作一下。
参考答案
天天练039-模型创建(Model Maker)
天天练042-体数据模型剪切法(Volume clip with Model)1
天天练043-体数据模型剪切法(Volume clip with Model)2
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你还知道哪些方法脑组织建模请回帖?
1 个赞
CenXJ
(陈籼锦)
4
研究了两天,始终止步于剪切。建模后,剪切能成功,但是剪切后在VR里始终只能显示脑组织VR渲染。回到
天天练042-体数据模型剪切法(Volume clip with Model)1 的教程,剪切颅骨后在VR里也不能显示去除颅骨的VR表现。
所以想请教一下曹主任,我在VR里面除了Preset和Volume两个选项外,还需要进行其它操作吗?
Caoyufu
(曹玉福)
5
最好有截图(微信截图或者截图软件,截图后直接在发帖栏按 Ctrl + V 即可)
那不就说明已经去除颅骨了吗?
与之前的描述不一致 ,是不是颅骨去除的不彻底的缘故,那就是将扩大多点击几次。
LuoJJ
(罗俊杰)
6
请教曹主任,第5步的意义是什么?略去该步一样可以完成呀?
LuoJJ
(罗俊杰)
7
明白这个工具的含义了,在阈值范围内进行扩大,谢谢曹主任
CenXJ
(陈籼锦)
8
这是建立的脑组织模型
这是用模型剪切之后得到的体数据
这是剪切之后的体数据在VR中渲染,调整shift并未出现血管与血肿的图像
所以想请教曹主任,我是哪里的操作不对?
Caoyufu
(曹玉福)
9
截图标准,问题阐述清晰,很好的问题。
剪切的时候要设置一个参数,剪切脑组织部分,还是剪切脑组织的外面部分,这在 天天练042-体数据模型剪切法(Volume clip with Model)1 有涉及,而思考题1就是你涉及的要点,你的参数选择错误,恰巧将脑组织去除了,而保留了颅骨。
,打勾则去除模型之外的组织,不打勾,则去除模型本身重合的组织。
几乎所有思考题都是容易出错或者需要注意的要点,试着做一下,不懂发帖求助。
CenXJ
(陈籼锦)
10
Clip outside那个选项我没有打勾
如同您在
所展示的那样,我剪切后能得到如您示例那样的切片视图:
但是在VR里我就是无法完成下图所示的渲染:
所以还是得请教曹主任
spm12可以对mr数据进行分割,变成脑皮层、纤维素束、脑脊液、颅骨,应用分割之后的脑皮层在3d slicer里面3d重建,出来的图像很漂亮,不知对各位是否有帮助。
Caoyufu
(曹玉福)
12
针对MRI的数据,3DSlicer有一键去除颅骨的操作,也很方便,spm12是否能把示例的CT素材方便的分割而显示脑皮层呢?如有相关经验可以写一下,目前spm12我没有安装,也没有相关的经验。
用上述方法在头颅MRI建成的脑组织有缺损,如下图,有没有更好的头颅MRI建脑组织方法,最好能有教程,谢谢
彭于杨
(彭于杨)
15
spm好像是基于python的一个软件,交通仁济医院有一个人在用这个软件,但是我觉得要重新去涉及一款计算机语言难度还是比较大的,我这边之前也有用freesurfer配置环境并处理过患者的mr数据,可以用的几个模型也是能很漂亮的配置出患者的脑皮层,但是数据处理花费的时间很大(看电脑配置至少要五个小时以上),而且freesurfer是基于linux和ios系统上的,在window用的话上必须装一个linux的虚拟机,所以本人觉得还是比较繁杂的,曹老师我后来自己就是用editor的工具一步步也画出来了脑白质,只是想知道怎么样方便快捷的画出脑白质组织,可能是我前面没学认真有些地方遗漏了,
这一张是我用freesurfer处理过的患者数据,下面我放一张我自己用editor笔刷工具一步步画出来的脑白质情况差不多,但是很费时间,想知道有什么更好的方法,比如利用阈值之类的东西呢,请曹老师指教,下面这张是我自己裁剪画的,这个是我刚开始摸索3d时候用很笨的方法一笔一笔画的!
彭于杨
(彭于杨)
17
曹老师我们建模之后能不能对这些图像进行裁剪呢,我好像看了教程没有看到裁剪的教程,因为我们先看整提后看局部,想对局部进行扩大建模并区分开来,应该怎么做呢曹老师!
彭于杨
(彭于杨)
19
相应的教程有吗,曹老师请发个链接,我知道segment里面又几个剪刀的选项但是具体还是不怎么会用