DTI数据导入问题请教

1:DWIConvert调试


2保存nrrd.格式
%E6%8D%95%E8%8E%B72
3有问题

4mask计算出错

老师帮忙看下哪有问题,谢谢

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看图像不是DTI序列啊!:joy: DTI序列是一组具有弥散方向和b值参数的DWI数据集,也不是普通的DWI数据扫描。

您好,之前发帖问过您(DTI数据导入问题请教),从医院MRI机上拷的数据不知道哪个序列是重建需要的DTI序列,万分感谢曹老师
1ADC


2DTI

3DWI

4灌注

5扩散值
%E6%89%A9%E6%95%A3%E5%80%BC
6蒙片
%E8%92%99%E7%89%87

DWI数据试试,其他都不是。

重要提示:PACS系统下载的数据是经过软件处理过的最终结果,而非原始数据,另外因缺少梯度方向参数,不能用于DTI重建。解决方案是MRI主机上拷贝数据或刻盘或新的U盘拷贝。

从ct机上从新拷贝到,您帮我看下哪个是脑神经束 重建需要的数据?

自己寻求解决方案之前是否每个数据都试过了?

第2和第3是DTI处理过程中的半成品数据,不能应用,第1种看着也不像DWI数据。

最有效的方法是应用模块DWIConvert导入数据试试,能够正常导入,而且有梯度方向参数,就对了。

DWIconvet能导入,但是DWI ComPonent调不了,我感觉还是少了东西,用医院的机子目前这些序列就可以重建出来,不太理解,或者中间还需要转换?

您能不能告诉我下数据采集方法或者要求?因为我用3dslicer自带的示例数据可以重建出来。

有些细节问题不太理解,如果方便还请您指点一下。谢谢谢谢!

  1. MR机子做的

  2. 3dslicer自带DWI数据我做的

    image

  3. 在MR机子里拷贝的是否为DWI?

缺少梯度方向参数就是这种情况!DTI数据可以理解为一组具有梯度方向参数的DWI数据集,转换后的图像是下图这样的。


还可以用下面的方法验证一下。将DWIConvert模块转换后的DWI数据存成nhdr格式,找到存盘目录,用写字板或记事本打开nhdr文件查看具体参数,如果没有梯度方向参数或者是错误的梯度参数,这样的“原始数据”不能用于DTI的重建。

具体看机器品牌和设置寻求解决方案,以我们飞利浦3.0T机器为例,从工作站导出数据不能用于重建,因为缺少弥散数据。解决方案是直接在操作的机器上把数据拷贝出来,这是我们技师的大力支持,反复研究解决方案,用了差不多1个月的时间才解决的。

我还咨询了3DSlicer fMRI研发小组的张博,回复如下:


老师电脑的存盘目录一般在哪个文件夹里

存盘目录可以自己设置,我的是在D盘,SSD硬盘分两个区,C盘安装系统,D盘安装软件,读取速度快。

老师,请教您,重建出来的脑神经束导出stl打开是空的?请问像脑神经束怎么实现stl导出,谢谢

抽时间写一下吧,这个需要数据验证,以前也没有进行导出操作。你先看看官网的教程。

您好,我又来请教了,请问我这个是缺少梯度值吧?

数据扫描这个dwi序列需要调哪些或者注意哪些,得到可以重建脑神经束的数据

提供的截图显示缺少梯度参数。数据扫描的时候只要是DTI序列,都会有梯度参数和b值的,问题不在于扫描机参数设置,在于你是否将原始的所有数据都进行了拷贝,部分数据参数的取得,求助于工程师才能解决问题。

您好,老师梯度值需要单独拷贝,还是说DWI数据没拷贝全

梯度参数与机器的品牌等有关,有的是与体数据在一起,有的是单独的一个文件,具体请咨询工程师。

曹老师,西门子3T的机器,梯度参数可以随数据一起拷贝来吗?还是需要单独拷贝,您知道吗

与机器品牌、机器型号及工作站的软件版本都有关,我们飞利浦3.0机器更换工作站软件之后,就只能在操作的机器上刻盘使用,具体咨询工程师或技师。

梯度参数信息是包含在DICOM格式文件中的,3DSlicer可以读取。拷贝的数据有可能不含有这部分信息,则无法进行DTI重建。可以将数据拷贝一份看看是否包含梯度信息。

曹老师,是机器上刻盘的,读取没有梯度参数。


下面我就不知道怎么处理了?

@gaoyuan 数据缺少梯度参数和b0值是错误的,也就是说取得的数据包含的信息不全,咨询软件工程师和技师才能解决。

可参考帖子:

slicercn公众号有系列的相关文章可供参考:

1、DTI教程01-DTI简介及软件安装

2、DTI教程02-数据转换初阶

3、DTI教程03-数据转换中阶

4、DTI教程04-数据转换高阶

5、DTI教程05-DWI数据加载

6、DTI教程06-大脑掩模

7、DTI教程07-计算弥散张量

8、DTI教程08-Fa图及标量测量

9、DTI教程09-弥散张量的可视化

10、DTI教程10-大脑纤维束成像

11、DTI教程11-胼胝体纤维束成像

12、DTI教程12-纤维束成像的参数调节

13、 DTI教程13-皮质脊髓束纤维束成像