DTI教程03-大脑掩膜及基准体数据输出

[Caoyufu (曹玉福)]

---

一、模块描述：

从弥散加权图像数据创建一个大脑掩膜，掩模可用于计算弥散张量或用于纤维束成像的种子。通过平均基准图像（非弥散加权）进行计算，应用Otsu阈值算法来分割组织体素，然后去除小的未连接区域。

---

二、模块参数说明：

• Input DWI Volume（输入DWI数据）：选择“DWI”即可。

• Output Baseline Volume（输出基准体数据）：选择"Create new Volume as…"，此处命名为“Baseline”。

• Output Diffusion Brain Mask（输出大脑掩膜）：选择“Create new LabelMapVolume as…”，此处命名为“Brain Mask”。

---

三、模块用法：

---

四、数据保存：

---

教程链接：

1、DTI教程01-数据转换

2、DTI教程02-DWI数据加载

3、DTI教程03-大脑掩膜及基准体数据输出

4、DTI教程04-计算弥散张量

5、DTI教程05-弥散张量的标量测量

6、DTI教程06-弥散张量的可视化

7、DTI教程07-大脑纤维束成像

8、DTI教程08-纤维束成像（胼胝体）

9、DTI教程09-纤维束成像（胼胝体）的参数调节

其他链接：

1、教程素材 Dti_tutorial_data（DTI）

2、DTI美图

3、3DSlicer导入DTI数据出现问题求大神指教

4、DTI数据导入问题请教

[clarkzhang]

求助大神，进行brain mask apply之后，小脑部分没有变蓝色，什么情况？

[Caoyufu (曹玉福)]

@clarkzhang

小脑部分没有变蓝色，什么情况？

软件在剥离头皮颅骨软组织过程中出现的“误差”，与数据本身有关，可以在Editor模块中进行手工绘画。

[gaoyuan (哈楼你好)]

您好，这个数据是练习的那个数据？ 还是自己扫描拷贝过来的？我这边有个问题西门子的3.0磁共振做的dwi序列无法实现重建，扫描的方法是什么？练习的数据可以实现重建。用文本看没有梯度参数，您这个扫描方法是什么？

[Caoyufu (曹玉福)]

看公众号slicercn文章吧，更详细的讲述了数据转换的方法。如果你还没有解决问题，可以发送所有原始数据给我：444703546@qq.com

[kucafe (可乐咖啡)]

Diffusion Brain Mask模块，我都没有找到。在4.8.1版本没有么？还有4.9的我下载不下来，有什么办法？

[Caoyufu (曹玉福)]

4.8.1版本和4.9版本都有，模块下载出现困难的情况下，可以参考下面的帖子：

关于扩展模块（插件）问题汇总

[bjsjwkxy]

请问：显示没有b0图像怎么办？

[Caoyufu (曹玉福)]

发我邮箱试试吧：444703546@qq.com

[Zhaobingyang]

导入数据后使用Brain Mask，input DWI volume选项里面没有我的这数据啊，怎么回事啊，老师。

[Caoyufu (曹玉福)]

首先你需要确认是否正确进行了数据的转换

[余额 (胜利之神)]

为啥标记的是全部图像

[Caoyufu (曹玉福)]

mask步骤出错了吧

[余额 (胜利之神)]

严格按照教程步骤的，看了好几遍了，不知道为啥