Caoyufu
(曹玉福)
1
一、模块描述:Tractography Measurements
- 利用模块对大脑纤维束进行成像。
二、参数设置:
Parmeters Node:参数节点
- Parameters(参数):选择模块的现有设置或创建一个新的设置。
- Presets(预设):为模块选择Slicer4或Slicer3参数设置,目前版本共有3个选项。
- Slicer4 Interactive Seeding Defaults:默认Slicer4交互种子。
- Slicer3 Labelmap Seeding Defaults:默认Slicer3标签映射种子。
- Slicer3 Fiducial Seeding Defaults:默认Slicer3基准点种子。
IO:IO面板-输入输出参数设置
- Input DTI Volume(输入DTI数据):选择现有的张量数据(DTI)。
- Output Fiber Bundle(输出纤维束):默认为“FiberBundle”,示例选择“Create new FiberBundle as…”并命名为“FB-Brain”
Seeding:种子
- Input Fiducials,Model or Label Map:选择一个现有的基准点列表、模型或标签映射体数据作为跟踪的种子。
- Seeding Label Value:种子标签值,默认为1。
- Seed Spacing(mm):种子间距,表示选取种子间的距离,单位为毫米,这个功能只有在没有勾选使用索引空间复选框时才有效。
- Use Index Space:使用索引空间,勾选后在IJK中选择体素作为种子。
- Random Grid:随机网格,勾选后能够随机放置种子点。
Update:更新
- 点击“Update”即可在三维视窗中观察纤维束成像情况,调节各参数后,需要重新点击“Update”。
三、大脑纤维束成像方法:
参数设置如下,其他参数为默认。
- Presets:预设默认为 Slicer4 Interactive Seeding Defaults
- Input DTI Volume:选择张量数据DTI
- Output Fiber Bundle:选择“Create new FiberBundle as…”并命名为“FB-Brain”
操作步骤:
备注:点击图片可以查看清晰大图。
教程链接:
1、DTI教程01-数据转换
2、DTI教程02-DWI数据加载
3、DTI教程03-大脑掩膜及基准体数据输出
4、DTI教程04-计算弥散张量
5、DTI教程05-弥散张量的标量测量
6、DTI教程06-弥散张量的可视化
7、DTI教程07-大脑纤维束成像
8、DTI教程08-纤维束成像(胼胝体)
9、DTI教程09-纤维束成像(胼胝体)的参数调节
其他链接:
1、教程素材 Dti_tutorial_data(DTI)
2、DTI美图
3、3DSlicer导入DTI数据出现问题求大神指教
4、DTI数据导入问题请教
1 个赞
CenXJ
(陈籼锦)
4
我的模型做出来全是绿色的纤维,用的是“天天练”提供的数据。请教:这个是正常结果还是错误结果?
Caoyufu
(曹玉福)
5
素材是一样的,提供的信息不全,原因不好说,可能与软件设置及参数调节有关吧,我的做出来默认就是彩色的。也可以考虑选择Color Fiber By Mean Orientation,按照纤维束的走形方向改变颜色。
CenXJ
(陈籼锦)
6
再做了一次,还是这样的效果。所有操作均按照教程所设置
Caoyufu
(曹玉福)
7
软件的版本是4.9.0吗?还有色表的选择可以试试其他的。
asnjing
(asnjing)
8
曹老师,我做出来也是这样的,色表在哪里选择啊?谢谢!
Caoyufu
(曹玉福)
9
应该与软件的版本相关,纤维束颜色在模块:Tractography Display中的Fiber Bundle Coloring中进行更改。
asnjing
(asnjing)
10
曹老师,是只改rainbow那个选项吗?为什么选别的跟之前差不多?
这是raninbow的颜色
这是reverserainbow的,是我随便选的一个
是改下面哪个选择呢?谢谢曹老师!
Caoyufu
(曹玉福)
11
你更换最新的软件版本(2018-06月之后)试试,既然大脑的纤维束做出来了,就进行后续的教程吧。
asnjing
(asnjing)
12
那我先学好了再换吧,我用的4.8.1。之前装过4.9,卡的带不动
Dr.Xie
(Dr.Xie)
13
选择Color Fiber By Mean Orientation试试.
老师您好,我是第一次用3dslicer 我需要通过配准的FA图像得到脑纤维束图像并统计各个脑区之前链接的纤维个数。我现在遇到的问题是,我怎么导入我的脑区模板呢,我在seeding那一栏点击select a MakupsFiducial没办法选择我引用的脑区模板。请问老师这个怎么解决啊?
曹老师,请问一下我的脑怎么是这样的啊,怎么还有嘴巴眼睛鼻子的部分?我是用的我自己的数据,怎么去掉这些得到像您的示例那样只有大脑部分的图像呢?谢谢老师。
Caoyufu
(曹玉福)
19
在Mask的时候对多余的染色和染色不足的部分要手工修整。
singdr
(singdr)
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我在软件里怎么找不到 Tractography seeding模块?