Caoyufu
(曹玉福)
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一、安装扩展模块：
用于弥散张量成像（DTI）的模块目前有三个，建议全部安装，成功安装之后重启软件。
弥散相关模块均可在Diffusion（弥散）菜单中进行查找。
二、模块界面：
三、参数设置：
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Input DWI Volume（输入DWI数据）：选择转换后的DWI数据。
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Input Brain Mask（输入大脑掩膜）：限制张量计算区域的大脑掩膜（非必选项）。
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Output DTI Volume（输出DTI数据）：选择“Create new Diffusion TensorVolume as…”并对输出体数据的名称进行命名，这里命名为“DTI”。
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Output Baseline Volume（输出基准体数据）：输出计算得到的基准体数据，选择“Create new Volume as …”并对输出基准体数据进行命名，这里命名为“Baseline”。如果已经创建了基准体数据，这里只需要选择Baseline即可。
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Fitting Method （[weighted ]least squares）（计算方法）：有两种计算方法可供选择：最小二乘法（Least Squares, LS）和加权最小二乘法（Weighted Least Squares, WLS）， 最小二乘法是张量估计的传统方法，也是最快的方法。 加权最小二乘法考虑了MRI图像的噪声特性，以根据其强度大小对DWI样本进行加权。这里我们选"WLS"。
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Shift Negative Eigenvalues（偏移负特征值）：此选项用来删除在弥散张量计算时由于噪声或设备成像错误所引起的负特征值，以保证所有的特征值均为正数。
四、操作步骤：
五、彩色DTI图像：
Slicer通过如下色谱来表示相应体素内的主要弥散方向：红色表示人体组织内单位体素纤维束主要特征向量沿左右方向走行，绿色表示体素纤维束主要特征向量沿前后方向走行，蓝色表示体素纤维束主要特征向量沿头足方向走行。
六、胼胝体：
由下图可知胼胝体为左右方向走形的纤维束（红色）。
教程链接：
1、DTI教程01-数据转换
2、DTI教程02-DWI数据加载
3、DTI教程03-大脑掩膜及基准体数据输出
4、DTI教程04-计算弥散张量
5、DTI教程05-弥散张量的标量测量
6、DTI教程06-弥散张量的可视化
7、DTI教程07-大脑纤维束成像
8、DTI教程08-纤维束成像（胼胝体）
9、DTI教程09-纤维束成像（胼胝体）的参数调节
其他链接：
1、教程素材 Dti_tutorial_data（DTI）
2、DTI美图
3、3DSlicer导入DTI数据出现问题求大神指教
4、DTI数据导入问题请教
bfman
(bfman)
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老师 ，点击apply后不能生成彩色DTI图像，插件也都按照了，咋办呢
Caoyufu
(曹玉福)
3
选择DTI显示在切片视窗中，现在显示的是Baseline.
ying
(ying)
4
请问曹老师：
上一步：Diffusion Brain Masking 生成的 Baseline (B0)
和这一步：Diffusion Tensor Estimation 生成的 Baseline
这两个Baseline有何区别？如取同名，是第二个覆盖第一个Baseline吗？
谢谢指导
ying
(ying)
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取了两个名称，也仔细比对了，但没看出有啥区别。如果这样，是否可以只生成一个Baseline就可以了？请问老师，从逻辑上，这两个Baseline有差别吗？
cx
(cx_yolo)
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老师，请问一下用matlab读入这一步生成的dti.nrrd文件时，显示有四维（9128128*40），这里的9是什么呢？不是应该是RGB三个颜色吗？
Sebastian
(Sebastian)
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老师您好，麻烦问一下为什么这里选不了Brain Mask?我的Slicer版本是5.6.1
