DTI教程10-种子点法皮质脊髓束纤维束成像

一、皮质脊髓束纤维束成像:

应用这个模块放置种子点,对皮质脊髓束进行纤维束成像。

解剖复习:

动画演示皮质脊髓束(来源于网络,仅作演示之用,勿下载及传播复制,如有侵权请告知删除)

http://p77dnje4w.bkt.clouddn.com/神经解剖学%20-%203D中的皮质脊髓束.mp4

此皮质脊髓束纤维束成像应用的模块有imageimage

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应用到的素材为天天练素材中的DTI,通过前期教程得到DTI和FA即可,出现任何困难可以在微信群里进行交流,不过还希望论坛发帖截图,更方便解答。如想入群学习的爱好者,可以加曹玉福微信(caoyufu),注明3DSlicer学习及姓名、医院、专业即可,我会进行医生身份验证,通过的入群,发广告论文的勿扰,不但会加入黑名单,而且会在群里公布。


二、Parmeters Node:参数节点

预设默认选择Slicer4 Interactive Seeding Defaults(适用于Slicer 4.0版本以上,建议应用4.8.1以上的版本进行本教程的练习)

  • Parameters(参数):选择模块的现有设置或创建一个新的设置。
  • Presets(预设):默认为“Slicer4 Interactive Seeding Defaults” (Slicer4交互种子),不用更改。

三、Seeding:种子

  • Input Fiducials,Model or Label Map:此演示将基准点作为种子,默认为“F”,必须放置一个基准点(Fiducial)之后,此菜单才可进行选择。

背景体数据选择“FA”,在冠状切片视图中投射纤维处放置种子点,如下图所示:


  • Fiducial Region Size(mm):种子点周围的区域大小,数值越大,种子点纤维束成像的范围越广。


  • Fiducial Seeding Step Size:种子点步长,数值越大,纤维束成像显示的细节越少。


  • Max Number of Seeds:种子点的最大数量,默认值为100个,超过设置值的种子点将不再成像。

  • Seed Selected Fiducials Only:仅被选择的基准点作为种子点或者全部都作为种子点的选项。

四、Update(check for interactive):更新(实时交互查看)

勾选时可以看到随着种子点的移动,纤维束成像实时在变化。取消勾选时,更改参数后需要手动进行更新,纤维束成像才会有变化。

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五、Tratography Parameters:纤维束参数

  • Threshold Type:阈值类型,Fractional Anisotropy
  • Seeding Threshold:种子阈值
  • Stopping Threshold:停止阈值
  • Integration Step Length(mm):积分步长,表示同一根纤维上点之间的距离,单位为毫米。

六、Advanced Options:高级选项

  • Minimum Length(mm):表示成像纤维的最小长度,仅选择大于此值的区域,单位为毫米。
  • Maximum Length(mm):表示成像纤维的最大长度,仅选择小于此值的区域,单位为毫米。
  • Stopping Track Curvature:停止追踪曲率,当纤维的曲率半径小于此值时纤维追踪将会停止。
  • Create Tracts Initially As:选择Tubes(管)或Lines(线)。

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七、展示:


教程链接:

1、DTI教程01-数据转换

2、DTI教程02-DWI数据加载

3、DTI教程03-大脑掩膜及基准体数据输出

4、DTI教程04-计算弥散张量

5、DTI教程05-弥散张量的标量测量

6、DTI教程06-弥散张量的可视化

7、DTI教程07-大脑纤维束成像

8、DTI教程08-纤维束成像(胼胝体)

9、DTI教程09-纤维束成像(胼胝体)的参数调节

其他链接:

1、教程素材 Dti_tutorial_data(DTI)

2、DTI美图

3、3DSlicer导入DTI数据出现问题求大神指教

4、DTI数据导入问题请教

请问下如何在层面上放置种子,找不到工具可以添加种子F47

基准点工具

曹主任 请问这个模块在哪下啊?找不着啊

扩展模块中的弥散Diffusion类别:

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的最后一个

这两个是一样的吗 感觉后一个参数更多 感谢

已经找到了 感谢

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